Mfeprimer用于标记引物的组合筛选（电子pcr）

Mfeprimer下载：https://github.com/quwubin/MFEprimer-3.0/releases

本人最近在筛选分子标记，然后发现合成了很多引物，但是多态性并不是很好，然后查阅了相关资料后发现一款软件mfeprimer能对我们的引物进行自由组合并得到预选的扩增条带，所以这里记录一下。当然这也叫电子pcr了哈。

安装教程官网也给出了：https://www.mfeprimer.com/mfeprimer-3.1/#2-command-line-version

就很简单，下载

，解压

然后给个权限

就可以了，然后我这里把这个软件重命名为mfeprimer，然后我们使用的是引物的特异性检测，使用的是mfeprimer里面的spec，输入mfeprimer spec -h 就能查看到帮助文档了。

在进行primer的筛选时，我们要先对我们的基因组文件或则fasta文件进行建立索引。

建立完索引之后呢我们需要将我们的引物转换成fasta格式（如图1）。然后我们就可以进行primer 筛选了。

primer 筛选命令如下

其中-i 是我们的引物fasta文件，-o是输出文件，-d是我们建立的索引信息。然后结果文件就如图2和图3