分子动力学||VMD实现局部分子结构的显示与导出（以磷脂双分子层生物膜结构为例）

VMD 是一款免费的分子可视化软件，可以实现以多种模式展示分子结构、制作动态动画以及分析分子运动轨迹等操作。在往期推文中我们介绍了

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分子模拟||VMD统计并绘制氢键 那么本期将介绍如何利用VMD实现局部分子结构的显示与导出。

VMD可以以多种模式展示分子的结构，通过其自带的selection功能可以实现局部分子结构或模型的选取。具体路径：打开VMD>Graphics>Representations

在选择之前，需要建立一个新的图层，点击Create Rep选项卡，再在Selected Atoms中输入选择语句即可。

常见的selection语句及其含义如下：

X<10：选择所有X轴坐标小于10埃的全部原子。Y和Z方向保持不动。该语句适用于各种含有界面选择的模拟体系，选择不同的位置进行分析。

X<10 and Y<10 and Z<10：表示选择一个长度为10埃的正方体区域内的原子。在这里“and”表示“与”的意思。XYZ方向的起点默认是0，也可自己给定，如X>2 and X<10 and Y>2 and Y<10 and Z>2 and Z<10

within语句的使用（PDB表示整个A分子）

1.within xx of resname PDB：距离A分子xx距离内B分子的分布。xx可以任意指定，输入特定的xx值，可以观察到特定的信息，如A分子的水合结构。

2.not within xx of resname PDB：距离A分子xx距离以外B分子的分布。

3.exwithin xx of resname PDB：距离A分子xx距离内B分子的分布，但不显示A分子。

4.PDB within xx of residue 1：距离残基号1 xx距离内A分子的分布。通过指定特定的残基号，可以观察长链分子中特定基团周围其他分子的分布情况。

在使用within命令的时候，部分分子没有完全显示，可以通过在选择命令前面加上same residue as保留显示完整的分子结构。

如same residue as within xx of resname PDB：距离A分子xx距离内B分子的分布，并保留完整的分子结构。

以磷脂双分子层生物膜结构举例：

初始结构如下图所示，上下两层中间的水分子是多余的，在建模的时候需要去除，可以通过VMD实现。

具体的坐标位置，可以通过打开Mouse>Label>Atoms，再在具体的模型上选择原子，即可知道原子的坐标位置，以此来估算Z轴方向进行选择的范围。

对于特定选择的分子结构，VMD支持多种格式文件的导入和导出，如gro，pdb文件等。具体操作如下图所示：