【clusterProfiler包】1行代码将SYMBOL转换为entrezID_比DAVID高效多了_20211027

#有gene symbol怎么拿到entrezid ?

rm(list=ls())

library(org.Rn.eg.db)   #大鼠数据包

library(clusterProfiler)  

#看一下待转换数据

#使用id列进行转换，没有成功。后面解释为什么不成功

，AA=bitr(ID$id,fromType = "SYMBOL",

              toType =c('ENTREZID') ,

              OrgDb = org.Rn.eg.db)

#使用idid列转换，成功了，但有些没有entrezid

（1）BB=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",

                toType =c('ENTREZID') ,

                OrgDb = org.Rn.eg.db)

（2）CC=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",

        toType =c('ENSEMBL') ,

        OrgDb = org.Rn.eg.db)

#-----------------

BBCC=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",

          toType =c('ENTREZID','ENSEMBL') ,

          OrgDb = org.Rn.eg.db)

#为什么只有idid列转换成功了？

#因为id列基因名称不对，id列基因全是大写字母，R语言系统识别不了

------------------------------下期继续---------------------------------------

2021年10月27日

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