Modeller介绍说明

Modeller可用于蛋白质三维结构的同源或比较建模。用户提供与目标序列相关的比对序列文件，modeller可自动计算包含所有非氢原子的结构模型。Modeller通过对空间进行约束实现对蛋白质结构的比较建模，并可以执行许多额外的任务，包括蛋白质结构中loop区的从头建模，针对一个灵活定义的目标函数对各种蛋白质结构模型进行优化，蛋白质序列/结构的多重比对，聚类、序列数据库搜索，蛋白质结构比对等。Modeller可安装在Unix/Linux系统、windows和Mac系统中。

Modeller的图形化界面在Discovery Studio上已实现，有DS的小伙伴可以直接操作图形界面，简单方便快捷，缺点就是不能批量建模。

安装使用说明

Modeller在Linux上的安装：

方法一：

使用conda 进行安装，输入下面命令：

方法二：

modeller下载软件包官网链接如下：

https://salilab.org/modeller/download_installation.html

可以根据自己的Linux系统类型，选择对应的软件包下载.

如果不确定选择哪个软件包，那就下载最后一项Generic Unix tarball，下载之后是modeller-10.2.tar.gz

建模

单模板建模需要的文件：目标序列、模板pdb文件、align2d.py、model-default.py

第一步：在NCBI中用Blast工具对目标序列进行序列比对，选择同源性最好的蛋白晶体结构作为模板temp.pdb，去PDB数据库中下载，保存到当前目录下；目标序列文件中把自己的建模序列替换到TvLDH中就可以，序列末尾一定要带着星号（*），这是一种PIR的格式（切记）。

第二步：先修改align2d.py中对应的名称， 将目标序列和模板pdb进行序列比对，生成 .ali 和 .pap文件(用modeller自带的脚本进行序列方便快捷，不需要安装其他的序列比对软件，align2d.py下载地址：https://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html)。

打开align2d.py中的 “#”号注释的temp、TvLDH、TvLDH-temp是可修改的，修改成自己文件对应的名称。

运行：python3 align2d.py 得到序列比对文件 .ali .pap

第三步：先修改model-default.py中对应的文件名称和需要得到的模型数目，再执行 python3 model-default.py，就可得到建模后的结构（model-default.py：$PATH/modeller-10.2/examples/automodel/model-default.py，$PATH是自己系统下的路径）。

打开model-default.py，修改a.ending_model值，当a.ending_model  = 5时，就会生成5个pdb模型。

运行：python3 model-default.py，得到建模后的目标pdb文件TvLDH.B99990001.pdb

到这里，Modeller的Linux安装以及单模板建模就结束了，后面再更新使用modeller进行多模板建模及其他应用。