NMDS分析，即非度量多维尺度分析（NMDS analysis and plot NMDS），是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法，一般用组间样本的秩次（数据排名rank order）上的差异来定义距离，常用作微生物群落研究的β分析。今天，小编就带大家看一下如何使用vegan包做NMDS分析并进行可视化！

安装、加载R包

加载数据

主要为OTU表格：

NMDS分析

1、计算bray_curtis距离

2、NMDS排序分析

3、适用性检验——基于stress结果

4、提取作图数据

可视化

1、绘制基础散点图

2、添加分组数据并进行个性化展示

3、也可通过添加边际箱线图展示组间差异性

4、通过AI进行微调：

源码及作图数据获取详见微信公众号【科研后花园】推文！