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2 去除INDEX和接头
一般测序,每个样本有独特的INDEX,还有通用的接头。需要与公司确认好具体的建库方式,INDEX序列,两端接头序列(注意方向),不然一不小心切错了都不知道...
#[待检测]
cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV --pair-filter=both -o sample1_cut_1.fq -p sample1_cut_2.fq sample1_1.fq sample1_2.fq
#注意更改INDEX序列,adapter方向