R|rTASSEL进行基因组分析(二)

上节回顾：安装rTASSEL以及利用内置数据进行可视化分析。

本节主要内容是：利用CMplot，qqman进行曼哈顿图绘制。

仍然使用内置数据包进行。

一、代码为第一节内容（快速抄写）

到这一步，用来做曼哈顿图的数据就算是初步拥有了。

可以在R中查看一下全基因组关联分析作图需要的数据信息。

二、开始整理绘制曼哈顿图的数据

三、方法一：使用CMplot绘制曼哈顿图

*直接将图输出到文件夹中

*这里直接是默认设置，修改颜色，多个表型绘制在一张图等均可通过修改代码实现

*文献参考：Yin, L. et al. rMVP: A Memory-efficient, Visualization-enhanced, and Parallel-accelerated tool for Genome-Wide Association Study, Genomics, Proteomics & Bioinformatics (2021), doi: 10.1016/j.gpb.2020.10.007.

*文献下载地址：bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.20.258491

*R包：https://cran.r-project.org/web/packages/CMplot/

四、方法二：使用qqman绘制曼哈顿图

*共十条染色体

PS:导出绘制曼哈顿图的数据

*CMplot对数据的列名不是很严格，qqman对数据的列名严格，需要按照范例修改列名 

预告：

1.数据前处理，过滤最小等位基因频率小于0.05的位点。

2.使用自己的数据进行分析。

3.CMplot、qqman代码简介。

……【后续想起来再补充】

【最复杂的代码，做最简单的事。】