Genome Enhancer自动分析工作流在癌细胞系GSE15709甲基化数据和基因表达研究中的应用

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Genome Enhancer 是一个全自动化的分析工作流，适用于各种组学数据的分析并可识别潜在的药物靶点，便于寻求相应的个体化治疗方法。图中的示例是Genome Enhancer 自动化分析工作流在 GSE15709 研究中的应用，该实验比较了顺铂敏感和顺铂抗性的卵巢癌细胞系，分析了该实验组的甲基化数据和基因表达差异。运用 Genome Enhancer 工作流识别出抗性细胞系与敏感细胞系中的差异表达基因，然后对识别出的差异表达基因进行启动子分析以找到调节它们的转录因子组合（表观基因组数据用于预测潜在增强子的位置）调节比较转录组学分析揭示的差异表达基因）。然后进行通路分析并发现了已鉴定转录因子的共同调节因子，这些因子是使耐药株对顺铂敏感的前瞻性药物靶标。揭示了已知治疗和被鉴定出的药物靶标相匹配，可作为临床治疗用药参考。