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docker初探

2022-11-30 09:20 作者:生信小院  | 我要投稿


一 docker介绍

百度百科上的介绍:Docker ,其实用通俗简单的话来讲,就是在你的系统上创建了一个应用程序级别的操作系统,仅使用你系统的硬件资源,不改变系统的环境配置。然后呢,你可以打包你应用程序的操作环境到这个容器中进行发布。并且,docker是开源的(果然,白嫖才是最大的前进动力)。

二 linux系统上的docker配置及镜像安装

首先,在系统上安装docker

其次,下载镜像文件(这里需要注意,直接下载容易被墙,因此需要通过一些镜像网站下载,并且建议选择网速最好的时候下载,且可能多次下载才能完成)

之后,你需要通过docker images命令查看你安装的镜像id


随后,进入docker镜像中

如需使用系统的GPU进行运算需要增加参数--rm --gpus all

再随后,即进入对应的docker镜像中


接着,就可以在docker中体验alphafold的魅力啦(可能也需要安装特定的依赖,因此说到底docker就是提供一种类似虚拟机的东西,并且会在每一次运行结束后恢复到初始状态)

三 惯例小结

docker有优点也有缺点,优点就是可以创造一个完全隔离主机的环境,缺点的话就是每次用一个新docker image,都可能面临着需要重新安装部署环境的劳动。至于docker好与不好,不做判断,重点是在于你如何使用它。特别建议大的程序环境还是使用docker为妙,否则像conda破坏了环境导致结果无法重现,可能更让人难受。

Multi-omics Hammer软件下载地址:

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件下载地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。

本公众号开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

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最后,也欢迎各位大佬能够在本平台上:1传播和讲解自己发表的论文;2:发表对某一科研领域的看法;3:想要达成的合作或者相应的招聘信息;4:展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会,都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时,能够成为生信分析者的交流平台,能够实现相应的利益互补和双赢(不一定能实现,但是梦想总得是有的吧)。

另外,怎么说呢,投币也可,不强求,但奢求。


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