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如何不污染服务器的python的包环境

2022-11-30 09:18 作者:生信小院  | 我要投稿


一 问题

为啥突然有这篇推文呢?主要是最近在用服务器运行一些程序的时候出现了以下情形:哎,明明上次这个脚本还能运行的,为啥这次突然不行?脚本没问题呀,也没有修改过
明白了,上次运行其他程序时又装了新的包
错误是部分包升级了,那降级就好了
...(过了许久)...
经过九九八十一难,终于降级成功
成功运行,也耗费了半天时间因此,才出现这一篇推文,也想着为本公众号的读者们提供一点借鉴的意义。
二 解决方案其实,这个问题共有五种解决方案:
第一种:不停的升级降级,如下文。优点是不用考虑其他,缺点是比较费时

第二种:将包安装到指定目录,本文介绍的。优点是需要腾出空间安装包,缺点是包的引用会较为复杂

第三种:使用conda。这种目前未尝试,但是听说部分包的安装会污染系统环境

第四种:使用docker。这种是我比较推荐的,不污染系统环境,并且即装即用,只是会比较耗内存。下一篇推文将介绍

第五种:一个程序一个电脑,土豪必备,缺点就是比较废弃下面的话就介绍第二种方法
首先,我们需要指定一个目录用于新包安装目录
其次,将每个安装的包都安装到这一目录第三,在需要调用这个包时,通过以下命令将包路径添加到系统中。PS:路径结尾不需要添加路径符号‘/’

需要注意的是该变动仅在当前终端存在的前提下才有效,关闭终端后无效。不过,这对于一次程序的提交已然足够了最后,快乐的运行你的程序。

三 惯例小结

其实吧,没有一种解决方法是全能的,重要的是什么解决方法最有效,用起来也最顺手。

Multi-omics Hammer软件下载地址:

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件下载地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。

本公众号开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

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最后,也欢迎各位大佬能够在本平台上:1传播和讲解自己发表的论文;2:发表对某一科研领域的看法;3:想要达成的合作或者相应的招聘信息;4:展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会,都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时,能够成为生信分析者的交流平台,能够实现相应的利益互补和双赢(不一定能实现,但是梦想总得是有的吧)。

另外,怎么说呢,投币也可,不强求,但奢求。


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