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精美网络图绘制《一》之python包: Networkx----补充

2022-11-30 09:20 作者:生信小院  | 我要投稿


到今天十一假期就基本结束了,大家过的怎么样呢。接下来的一周可是恐怖的七天上班,大家开不开心呢。

接下来,就由bug开始新的一周吧。

一 问题

在之前的推文《精美网络图绘制《一》之python包: Networkx》中,有介绍过一个可以用于网络图绘制的python包,其中pygraphviz包的安装介绍的过于简单,特别是当我在不同的电脑间进行工作切换的时候,却发现这一包的调用需要额外的程序安装,因此,这里记录一下,也方便有对应使用需求的读者快速安装上手使用。那么话不多说,下面可以避坑之旅

二 避坑指南

报错1:error: Microsoft Visual C++ 14.0 or greater is required

报错原因1:这里报错的原因是因为你的电脑并未安装C++的桌面开发

解决方案:在官网(https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/visual-cpp-build-tools/)下载 ‘Visual Studio生成工具 2019’,并利用这一工具下载C++的桌面开发包。如图一所示

图1

报错2:graphics.h文件缺失原因2:这是因为你安装pygraphviz包时为提前下载后安装graphviz程序解决方案:下载并安装,并注意需要在最后一步将安装好的程序添加到系统路径,即选择图2的第二项,切不可选第一项,否则需要自己从环境变量中重新指明路径,徒增工作量


图2

报错:在安装了以上步骤后,依然无法调用pygraphviz包原因:pip安装方法时部分编译没有做好解决方法:直接下载whl包,然后pip安装

whl下载网址:

https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz

三 惯例小结

做个掉包侠其实也未尝不可,毕竟重复造轮子也不符合当前开源社会的精神,不过建议大家在了解原理的基础上掉包,并记录掉包所遇到的一些问题(方便后来者避坑),这样即使在后期需要重新设计算法的时候,也能够一跃跳过掉包的环节(又啰嗦了一下,哈哈)。

Multi-omics Hammer软件下载地址:

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件下载地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。

本公众号开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

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最后,也欢迎各位大佬能够在本平台上:1传播和讲解自己发表的论文;2:发表对某一科研领域的看法;3:想要达成的合作或者相应的招聘信息;4:展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会,都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时,能够成为生信分析者的交流平台,能够实现相应的利益互补和双赢(不一定能实现,但是梦想总得是有的吧)。

另外,怎么说呢,投币也可,不强求,但奢求。


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