1分钟说清楚Alpha多样性相关的6个指数

Alpha多样性是指一个特定环境或生态系统内的多样性，主要用来反映物种丰富度和均匀度以及测序深度。Alpha多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性（within-habitat diversity）。

Alpha多样性主要通过Chao1、Observed species、Goods_coverage、shannon、Simpson和pielou-e等指数来反映丰富度和均匀性。

其中：

Chao1和observed_species主要是估计群落中包含物种的数目；

Goods _coverage是指微生物覆盖率，其数值越高，则样本中新物种没有被测出的概率越低，该指数实际反映了本次测序结果是否代表样本的真实情况；

Shannon指数来源于信息熵，Shannon指数越大，表示不确定性大。不确定性越大，表示这个群落中未知的因素越多，也就是多样性高；

Simpson数值范围在0-1之间，当群落里只有一种物种的时候，此时Simpson值最小为0，同时也是我们直观理解的多样性最小。当物种种类无限多（丰富度最高），并且每个物种数目都一致（均匀度最高）的时候，Simpson值为最大为1；

pielou-e指数即Shannon’s evenness，仅反映均匀度，数值越大，越均匀。