辐射4:AI模拟故事
故事发生在核战争后的废土，主角被称为仅存者，2077年核战爆发前于波士顿居住，拥有一个美满的家庭。在美国受到核攻击时，主角带伴侣和年仅一岁的儿子肖恩进入第111号避难所，然后避难所的工作人员将他们一家三口冷冻在休眠舱中。150年后，仅存者因为有人终止休眠程序而苏醒，但在舱中见到有两个神秘人物打开了封印其的伴侣和儿子的冬眠舱，他们抢去仅存者儿子之外，还开枪射杀了仅存者的伴偶，更重启了休眠程序。60年后，避难所因为电力系统出现故障，主角终于从休眠仓中解放出来。之后主角发现自己是避难所唯一的幸存者。为了找到儿子和为配偶之死报仇，走出了第111号避难所。
主角回到自己的家，却发现整个庇护山丘都成了废墟，只有未能一同进入避难所的管家机器人噶抓还在。在噶抓的建议下，主角前往康科德寻求帮助，并在红火箭修理站遇到狗肉。在康科德解救义勇军成员普雷斯顿·加利一行人之后，又帮他们在庇护山丘安顿了下来，并被众人冠以义勇军“将军”头衔。在得到去钻石城的建议之后玩家继续踏上了旅途。
在路上，主角在剑桥结识了钢铁兄弟会圣骑士丹斯和其率领的小队，随后又在钻石城遇到了记者派普，并在当地人的建议下向合成人侦探尼克·瓦伦坦求助。在救出被黑帮所囚的尼克后，其凭借主角的描述很快锁定了凶手为佣兵克罗格。之后主角成功追踪到克罗格，并从其口中了解到儿子被学院的人带走了。在杀死了克罗格后，主角提取了他的脑组织，并在一位神经科学家的帮助下提取出克罗格的记忆。追踪克罗格过程中，主角还目睹了兄弟会的飞船进入波士顿地区，并在之后了解到兄弟会进入波士顿地区的原因是探测到了波士顿地区的高科技能量波动，这对试图在废土创建秩序的兄弟会无疑是威胁，后证实高科技的能量波动来自学院。
看过克罗格记忆之后，主角的下一个目标是前往发光海寻找学院叛逃科学家维吉尔的帮助，以获得进入学院的方法。根据维吉尔的指示，主角干掉了一个学院的合成人追猎者并获取了传输芯片，并通过解码芯片内容搭建了传输设备，成功进入了学院，发现了自己的儿子肖恩已是风烛残年——并且是学院的领袖，而学院制作合成人的目的则是为了用科技的力量复兴人类文明。
主角的旅途中还会碰到称为铁路的隐秘组织，主张有自我意识的合成人应享有人权并为之行动。这些组织也都遭到了与学院合作的主角和克罗格的剿灭，并在这个过程中获得了学院和学院核心之间秘密联络方式，并且得知了学院内部对合成人研究的态度，以及学院所做出的决策。
当主角的身份曝光之后，主角的生活陷入了危险期，他的敌人很多，甚至还有一位名为"阿道夫·杜克"的家伙，这个家伙不但是一位合成人，并且还是一位科学家，并且在研究学院的研究项目中，他的研究成果获得了很大的突破。在他的研究项目里，他认为合成人可以与生俱来的掌握科技，并利用科技将人类变成可怕的机械怪兽。他的研究也得到了学院的认可，并获得了学院的奖励，并得到学院的许可进入了学院深造。但学院的规定必须保守，绝不能将这个消息泄露给任何人，并且学院内还专门设置了监控，一旦发现此事，学院便会立刻采取措施。
在学院中主角并不受待见，但在学院外，却还是有着很多人愿意接近主角，并在背后给予他很多的帮助。主角很清楚，这些人是想从他口中获取关于合成人的资料，从而研究出可以制服合成人的办法，这样就可以为他们所用。在某种意义上来讲，合成人就相当于人体的一个生命体，是一件非常奇妙的东西。而现在学院有了能够将人转化为合成人的技术，只需要将人的大脑放在一个合成人机体上，主角也曾经想要获得这个研究方案，但最后还是放弃了，因为学院有明确规定，如果主角私自研究这个项目，会遭受学院的严厉处罚。
主角的研究并不受学院管束，在学院里面他可以随心所欲的研究，而学院对他也不会进行干涉。但是学院不允许外人私下研究。
主角曾经在研究基地中遇到过一次学院内的合成人实验，在实验室内，有几百名学院合成人，在一个仪器上注入了一些液体，那液体的作用便是将他们的生命力全部吸收。学院在他们身体内留下了一些基因链，这样他们的身体就会逐渐适应基因链，然后他们便会逐步成长起来。这些实验是针对学院内的合成人的，而主角则是被其余的合成人吸引过去的。她曾尝试过利用自己的能力去改变基因链，但很可惜他失败了，因为基因链是由生命体本身的细胞组成，除非使用强制性改变，否则他无法做到。
在实验中，有一些学院合成人因为体质的限制没有被改造出合成人，这样一来，就会让学院内的合成人产生恐惧，甚至出现暴乱，这是非常可怕的，所以主角在发现合成人暴躁后，便立刻撤退了，并没有进行下去。她在逃跑过程中还遇到了学院内的教授，但教授并没有因为他的逃跑而阻拦，这也让主角松了一口气。
但这样下去不行，总会有被发现的一天，而主角并不希望那一天到来，于是她开始思索着如何进入学院内的学院核心。
"主角，您在思考什么呢？"克罗格的全息投影走了过来，看着正在冥思苦想的主角说道。"主角，我们该怎么进去学院呢？"克罗格问道。
听到克罗格的话，主角抬起头看了看他："你知道学院的入口吗？"
克罗格摇了摇头："我只知道学院有一座门户，只能通过这里，我不知道门户在哪。"
听到克罗格的话，主角点了点头。
"主角，您是想进入学院吗？"克罗格好奇的看着主角问道。
主角点了点头："是的。"
"这......这似乎不太容易啊。"克罗格犹豫的说道，"学院是一个庞然大物，学院的入口肯定会被学院的守卫把守得水泄不通，我们根本没有任何机会进入学院。"
主角想了一会儿："你能够帮助我吗？"
"帮助您？帮助您什么？"克罗格愣了一下。
"你能不能带我潜伏进去？"
"带您潜伏进去？您疯了？这是违反学院的规定的，而且这也很危险。"克罗格皱眉说道。
"我不在意，我相信你有这个能力，只要能进入学院就可以了。"主角看着克罗格坚毅的说道。
看到主角坚决的表情，克罗格叹了一声："好吧。"
在克罗格的帮助下，主角成功混进了学院，然后进入学院。
学院中也存在着监视系统和学院的守卫，但这些都难不倒主角，只要能避开这些人，主角就能轻而易举的进入学院。
在进入学院之后，主角先是去学院内的一座大型实验室，这座实验室中有许多实验体，这些实验体的基因链都被改造过，变成了强大的合成人，而学院的老师就在这些基因链的实验室中实验着这些实验体。这些实验体中的合成人基本上都被强行改造过基因链，但有的实验体的基因链是被修复好的，有的实验体是无法恢复基因链的缺陷的。这些实验体就像是被改良过的机器人，但却没有了灵魂，他们只是一群只懂得杀戮的机器罢了，虽然实验体拥有自我意识，但智慧却远远比不上机器人，因此只能靠强行改良他们的基因链来达成目的。
在学院中，主角遇到了许多合成人，这些合成人都是被人强行改造，他们都失去了自我意识，只知道杀戮。
主角看到这样的场景，立即向科学家提出了要求，让他们对这些实验体进行改良。
但这些实验体都已经被改造过了，无论科学家们如何做，都无法改变他们的基因链，只能眼睁睁的看着这些实验体变成合成人。
在看到这样的情况后，主角立即找到了学院的领袖——自己的儿子，她向他提出，希望能够对这些实验体进行改造，让他们恢复自我意识，而不是被人操控。
学院的领袖看了看眼前的这些合成人，他们的基因链全都被强行改变过，这些基因链的数据全都显示在屏幕上。学院领袖仔细的观察着眼前这些基因链，在看了一会儿之后，学院领袖摇了摇头。
"不，我们的科技已经发展到了一定的层次，不需要再使用什么科技手段来强化这些基因链了。"
听到学院领袖的话，主角的脸色沉了下来。
"这可不一定吧。"主角冷笑道："如果不能让他们恢复自我意识，那么他们将永远都只是这样，不能成为真正的合成人。"
"这些合成人不仅是合成人，而且他们还拥有着强大的攻击力，只不过，他们的战斗能力太弱了。"学院领袖淡淡的说道。
"弱？"听到这两个字，主角顿时不满的瞪了学院领袖一眼："如果他们的战斗力很弱，那你们怎么让他们变成了合成人？"
"这只能说明他们的实力太差了，他们根本不能承载住这种强大的力量，只能让他们成为一具只会攻击的机械人。"学院领袖冷笑道。"我们这里有许多科学家都是因为战争和破坏而被改造的，他们在破坏中死亡了，所以他们的灵魂也变成了这些合成人，他们不仅仅是合成人，他们甚至比正常人还要强大一些。"
"这些基因链被改造过之后，就不能再用了吗？"主角皱眉问道。
"当然，不能再用了，而且这些基因链也不属于我们，他们的使用权归学院。"学院领袖说道。
"你......"主角愤怒的看着学院领袖，"既然你说他们是你们培养出来的，那么你们就应该把他们的基因链取回来，这些基因链属于你们学院。"
学院领袖冷哼一声："你以为我不想取回他们的基因链，我早就想取回来了，但我们的研究员已经研制成功了一种强大的武器，他们可以使用强大的武器将他们身上改造成超级士兵或者变异士兵。他们是学院最宝贵的财富，他们是学院最大的力量。你觉得我会轻易的交出他们的基因链吗？"
"我不管你用什么方法，你必须要把它们从他们身上取回来。"主角冷冷的说道。
"不可能！这是绝对不可能！他们是学院最重要的资源，我绝对不会轻易放弃这份资源。"学院领袖坚定的摇着头拒绝道。
主角冷哼一声："既然如此，那我也不会客气了，等我打败了你们学院的高层之后，我自然会带走这些基因链的。"
说着，主角转身离开了实验室。
看到主角离去的背影，学院领袖的面色变得阴沉起来，他的拳头紧握着，眼神中充满了杀意："你竟然敢威胁我，好，很好！既然你如此不识抬举，那就别怪我对你不客气了。"
离开了实验室，主角继续向其余地方寻找合成人。在这个学院之中，还隐藏着许多合成人的基因链，他要尽快找出这些合成人的基因链。
"你好，请问您需要什么服务？"一名身穿追猎者制服的侍女看到主角走了过来，立即上前询问道。
主角点了点头："我需要一台合成人。"
"请跟我来。"
侍女领着主角来到了一个房间里。
进入房间之后，只见房间的墙壁上挂着一排合成人，这些合成人都在墙上摆出了奇怪的姿势。
看着眼前这些奇怪的合成人，主角的心里一阵郁闷。
"这些都是什么鬼啊？他们是干嘛用的，难道是为了给那些科学家们解剖用的吗？"
"他们的生命力非常微弱，他们只剩下一丝丝的意识，随时都可能消散，而他们只能保留一丝丝的意识，如果不尽快将他们治疗好的话，恐怕他们随时都可能会死去。"侍女介绍道。
听到侍女的话，主角点了点头。
主角不知道的是，这些合成人是被称为“第四期”计划的产物。
侍女说道：“学院现在有一项机密计划需要你协助，你需要帮我们处理掉钢铁兄弟会的威胁。”随后带主角登上了传送机传送到了地面。
至于不远万里来的联邦废土的钢铁兄弟会。
钢铁兄弟会原隶属于美军，核战爆发后，从美军中脱离，成为独立的势力。其宗旨认为过度依赖科技或者堕落成野蛮人都是不对的，主张在废土上建立秩序。
战后活跃在北美地区，致力于控制并管理废土上的科学技术，尽管规模不大，但兄弟会在废土历史上依旧是一个有着很大影响力的群体。
起初他们只是一群战后幸存者，之后慢慢成为了一个重要的研发机构，并最终成为了新加州共和国（NCR）的敌人，为了争夺对先进科技的控制权而在新加州陷入了同NCR的苦战。
虽然在西部吃尽了战败的苦头，但位于东海岸的钢铁兄弟会却在亚瑟·麦克森长老的带领下日益壮大。
在新加州的南部，钢铁兄弟会占据了大片的地域，成为了新加州的霸王。钢铁兄弟会的首脑是钢铁兄弟会的首席大弟子麦卡锡·凯恩，他在新加州拥有很强大的政治势力。
在新加州的南部，钢铁兄弟会也占据着大片的土地。在这些地方，都有一支军队驻扎着。
在北美地区，钢铁兄弟会也占据了大批的城市，他们也在新加州的南部修建了大批的堡垒。
除此之外，钢铁兄弟会在废土上也发现了大批的秘密基地，这些基地都是由一些军火商、商业巨鳄们建设起来的，这些基地里都存放着大量的武器，而且都是经过严格改良后的武器，他们的价值极大，可以说是钢铁兄弟会的重要战略武器。
废土上有不少的基地都建立在钢铁兄弟会的控制范围内。
钢铁兄弟会拥有庞大的资金，拥有大量的科学家和武器专家，他们的武装力量极强，是废土上最强大的组织。
不久之后，钢铁兄弟会便成为了新加州的霸主，成为废土上最强大的组织之一。
新加州的军队，政府军，军队和警察，政府军都是钢铁兄弟会的势力范围。
废土上的政府军，警察都被钢铁兄弟会所吞并了，他们在钢铁兄弟会的掌控下变得无比卑微，没有一点尊严可言。
在废土的北部，钢铁兄弟会的地盘占据着最繁华，也是最安全的一块土地，但是却是钢铁兄弟会的禁忌之地，不管哪里的守卫都非常森严，而且还布置了许多强大的防御工事，钢铁兄弟会的人都不愿意靠近废土北部。
除此之外，钢铁兄弟会在废土上还有一些秘密的基地，他们通过这些基地，可以从废土中获得大量的武器资源，这些资源在他们的手中，能够提供巨大的能源。
他们可以从废土中得到一笔巨款，他们可以获得各种高端的科技。
被称为仅存者的主角站在义勇军一方，率领义勇军联合废土人民的力量共同构建未来。
在钢铁兄弟会的控制下，义勇军在废土上发展的非常迅速，他们逐渐扩大自己的地盘，不断地向废土的中部进行渗透。
废土上的军阀纷纷被义勇军击败
不知不觉之间，废土中少了很多黑社会团伙，而义勇军也成为了废土中的英雄，不断的吸收着附近的人口。
“有些废物我需要给你看。”侍女说道。
侍女带着主角来到了CIT旧址里面，整栋建筑被学院的二代合成人守卫包围着。主角在一个房间里看到一群被绑起来的义勇兵，他们因为和掠夺者私通被路过的二代合成人巡逻队抓个正着。
"你说的废物就是他们吗？真是一群废物，一点实力都没有，居然还能混到这个地步！"主角看着一屋子的男性人类，忍不住骂道。
"这些人都只能维持生计而已，在这个世界上，根本就没有强大的力量，如果我们的人能够强大起来，就算是一只蚂蚁，都可以咬死一百头牛。"
这时候，侍女说道。
"是啊，我们的人都是废物，连我们自己都保护不了，还谈什么统治别人。如果我们的人能够强大起来，就算是把整个地球毁灭了，我们也不怕，因为他们都是垃圾！"主角愤怒地说道。
听到主角的话，这名侍女脸色顿时一变，她知道，主角肯定是误会了自己的意思，她连忙说道："这位女士，您误会我的意思了，我并不是说废物是垃圾，而是说我们的人太弱了，如果我们的人能够强大起来，绝对能够轻松打败敌人！"
"呵呵，你们想要强大，可以呀，那么你告诉我你们想要怎么样强大呢？"主角冷笑着问道。
"我们可以利用一切办法强大，只要给我足够的资源就可以，我们可以用各种科技、技术去提升我们的力量，比如说电磁炮，比如说激光炮，甚至还有高等级的能量武器，只要我们的科技能够发展起来很。
义勇军的理念是帮助平民，为了联邦、团结一心。而钢铁兄弟会的理念是阻止科技过度发展以及消灭科技过度发展带来的生物，为了统治整个废土而不择手段，为了统治废土而不择手段，这两个理念根本就不冲突，所以我觉得，这我们义勇兵应该要与钢铁兄弟会合作。
如果我们的科技强大起来，那我们就能够对付那些强大的敌人，我们就能够保卫废土。"
"你的意思是，我们应该与你们学院合作吗？"
"当然可以。如果您能与我们合作，那我们就可以一起对付那些侵害我们生产和生产环境的人。"
"呵呵，你的意思是，你们是想要将我们这里的生命全部杀掉吗？"
"没错！我们就是要毁灭所有的生命。"侍女斩钉截铁地说道。
主角冷哼一声，他不屑地说道："既然你们都要毁灭我们，那就不必浪费时间跟你们废话了。”
这名来自学院的侍女实际上是一名前英克雷的成员，英克雷认为大多数出生在英克雷之外的废土人都已经产生了变异，不再是纯种人类，需要消灭和净化。
尽管如此，英克雷对于避难所中的纯种人也当做是实验用的小白鼠看待，并不认为他们和自己有一样的地位。
"不，我不是这个意思，我的意思是我们双方可以一起合作，我们一起消灭那些侵入到废土的敌人，让废土恢复到原本的秩序。"这名侍女急切地解释着。
主角听到她的话后，冷冷地笑了笑："不好意思，你错了，你们已经侵犯到了我们的生活，你们已经破坏了废土的规矩。如果你们愿意归顺我们，或许我还能留你一条狗命，但你们如果还想继续留在废土的话，那么只有两条路可走，要么归降我们，要么杀光你们。"
"你！”
这名侍女的脸色变得煞白，她万万没想到主角竟然会说出如此狂妄的话。
在废土中，任何人在面对钢铁兄弟会的时候都要低三下四，毕竟钢铁兄弟会的实力太恐怖了，他们就像是一座大山，压在他们的身上。
"我们可以答应你们，但你们一定不能对我们的同胞做出残暴的举动，否则，我们会不惜一切代价，和你们拼个你死我活。"侍女坚决地说道。
"哈哈，你说的没错。我们是一群穷凶极恶之徒，如果你们敢反抗的话，我们会把你们统统杀死！"主角冷哼一声，对着这些人挥舞了一下拳头。
"不管你们怎么做，我都不会改变我们的立场，我们会和你们战斗到底！"侍女倔强地说道。
"呵呵，你们不服气的话，随时欢迎来挑战我们！"主角淡然地说道，眼神中充满了蔑视的神情。
"我们会等着那一天，如果我们输了，我们就会离开联邦。"这名侍女说道。
"哈哈，我们会输吗？你放心吧，我一定会赢，我们一定会与钢铁兄弟会联手的。"主角笑着说道。
"好，如果我们输了，那我们也会退出联邦。"侍女说完，转身离去。随后二代合成人守卫把主角赶出了CIT旧址。并且告诉她她与学院的契约解除了。
主角没有说话，目光落在远处的废墟上。
"唉，我该怎么办呢？"主角叹息着。
被称为仅存者的主角名叫诺拉·赫兹，在核战争爆发之前是一名律师，从进入避难所再到目睹丈夫被杀以及儿子被抢，从冰冻了她两百年的设施爬出来再到接触联邦废土，直到她发现她的儿子已是风烛残年，她都没有一丝退缩。但现在她的儿子却已经快死了，这让她无法再坚持下去了。
如果不能将那些人消灭，她将永远都不会安宁，因为学院那些人是绝对不会让她安宁的。
"你是谁，为什么会出现在这里。"一名穿着西装的中年人走到主角的面前。
"你是谁。"主角冷漠地说道。
中年人看了一眼主角，然后又看向主角身边的那几具骷髅，他们都死了。
"我想这几具尸体是你们干的吧。"中年人淡淡地说道。
"你猜对了！你们这些垃圾，你们根本不配当我的对手。"主角鄙夷地说道。
"你找死！"中年男子大怒。
"呵呵，你真的很蠢，我是不会杀你的。"主角笑眯眯地说道。
"你为什么不杀我。"中年男子疑惑地问道。
"因为我想留着你，让你亲眼看看你所谓的正义，你所谓的正义到底值不值钱！"主角嘲讽地说道。
"哼，既然如此，那你就别怪我对你不客气了。"中年男子冷喝一声，向着主角冲过来。
主角微微摇了摇头，没有动。
她只是用眼睛扫了一眼对方的行动轨迹，便判断出了他的行动轨迹，并且准确地预知了对方要攻击的方向。
这时，刀刃划过，中年男子的身体顿时停住，然后倒在了地上。
"你怎么做到的。"中年男子瞪大了眼睛问道。
"我是你不能企及的人，所以你没有必要知道那么多。"主角淡漠地说道。
中年男子还没有反应过来，身体再次僵硬了，然后轰然倒在了地上。
