pymol:两步展示结构中疏水相互作用

结论：

interfaceResidue object_name, chain R, chain A + chain B + chain C + chain N

select hydrophobes,(resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp)

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

分两步，首先找到相互作用界面，其次选中疏水氨基酸并展示侧链。

1、InterfaceResidues - PyMOLWiki，去这个网址下载脚本，InterfaceResidues.py。

先运行脚本，操作如下

File → Run → InterfaceResidues.py

随后输入命令行，例如下图

interfaceResidue 5un6_B12, chain A, chain E 

原理：通过某氨基酸（在一条链中的表面积）和（在复合物中的表面积）的差别（大于阈值）辨别出出位于界面的氨基酸。

如果复合物有多个链，可以参照一下格式：下面是受体和G蛋白复合物界面的一个例子，chain R 是受体，剩下部分是由多条链形成的G蛋白复合物。

interfaceResidue object_name, chain R, chain A+chain B+chain C+chain N #会有一些误选，选到少数ChainA, B, C, N之间的氨基酸

这时pymol会自动形成一个新的selection 名称是interface

2、选中疏水氨基酸，选中疏水氨基酸和interface的交集，展示侧链

select hydrophobes, (5un6_B12 and resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp) 

#这是选中object 5un6_B12中的疏水氨基酸，and表示交集，适用同一窗口打开多个结构时，不想选中别的结构时，根据pymol官方文档，疏水氨基酸有9个 

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

如果打开了多个object，而只想分析object内的相互作用，

命令改为

select hydrophobes, (5un6_B12 and resn ala+gly+val+ile+leu+phe+met+pro+trp) 

show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o))

上面两步是一个粗略的展示，主打一个方便，具体相互作用还要人去分析。其他氨基酸侧链之间例如C和Y之间的相互作用就无法通过上述步骤找出。