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发文章不会画图?-R语言医学数据可视化实战教程

2022-11-06 18:53 作者:雷枪医学信息技术  | 我要投稿

如何将自己的医学数据用清晰且优美的图形展示出来对于SCI论文的发表是至关重要的。无论是临床医学数据的展示或者是生物信息学,都需大量的图型来进行数据展示和说明。

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尽管有spss,stata和graphpad prism等绘图及统计软件,但总体而言灵活性较差,目前大部分生物医学SCI论文中较为复杂且精美的图形大多数使用R语言绘制。

ggplot绘图系统是R语言独具特色的绘图模块,是目前个人认为最为强大的绘图系统。尽管python等语言中也有不错的绘图功能模块,但总体性能及易用性及拓展性仍旧无法超越R语言的ggplot绘图系统。

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ggplot2可以对于展示临床数据及生物信息学的数据都有着不错的支持,有相当多的第三方基于ggplot系统开发自己的绘图模块。比如在ggplot拓展应用库里有各种开源的绘图组件库(https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/)

尽管目前网络上可以找到大部分的图形绘制的ggplot2代码,但如何看懂别人的绘图代码并将其使用在自己数据上,这对于刚开始熟悉绘图的同学来说的确是个令人头疼的问题。主要会遇到有以下几个问题:

  1. 对于图形的原始数据了解不足,不清楚原图型是用什么数据做出来的。因此即便拿到绘图代码仍旧不会针对的自己的数据进行修改。


2.对ggplot绘图系统细节了解不够,搜索或阅读文档有一定困难,因此对于图像细节的调整有一定困难。

3.对于完整实战绘图经验不足,而多数绘图视频教程过于冗长,实质内容不多,浪费了学习时间。

针对上述问题,我们录制了R语言医学数据可视化的教程

该教程主要基于真实的医学SCI文章的图像案例来进行模仿和解析,是一套实战型课程。我们搜索一些常见的生物医学论文中常见的图形来进行绘图。

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如骨质疏松折线图案例及实战模仿:

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印度死亡率误差棒叠柱状图及实战模仿:

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土壤细菌分布森林图柱状图复合及实战模仿:

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当然还有更多案例在本套课程当中,对于每一个案例都有从数据到图形描述到R语言ggplot2代码实战的完整讲解。做到举一反三的效果。以为网络上各种图形太多,因此:

绘图代码是永远学不完的!!

绘图代码是永远学不完的!!

绘图代码是永远学不完的!!

重要的事说三遍,学会如何使用别人的代码来应用到自己的数据来作图才是绘制一切图形的解决之道。做到这点就是依靠上述的:

理解数据+读懂代码!!!

同时包含tidyverse模块数据整理,清晰,过滤等讲解。

这套课程中包含一下内容,总时长5小时:

  1. ggplot2基础(包含映射关系,图形描述,数据理解,配色,坐标及文本调整,复合图形拼接,图片导出为SCI论文要求)

  2. ggplot2临床医学及生物学数据案列实战分析

  3. tidyverse数据清晰及整合模块讲解

  4. ggplot2进阶绘图部分(更复杂,细节更多的ggplot绘图实战内容)

  5. ggplot2拓展库的学习应用。

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目前报名限时赠送50套医学及基因组数据绘图的可视化案例,且有定期更新

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课程咨询:

    

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课程试听及报名链接:

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