育种遗传参数评估与全基因组选择究竟在讲什么?
随着大数据育种时代的来临,如何高效地分析育种数据,准确地进行遗传评估对育种工作者来说至关重要。对于不同的数据,如何选择合适的模型,如何进行基因组选择分析,如何计算育种值和近交系数,如何选种选配等内容都是育种单位迫切需求的知识,通过本次培训,您可以得到一套完整的解决方案。
ASReml软件是国际知名的遗传评估软件,专门用于海量数据的混合模型分析,并可估算许多重要的遗传参数。新版本ASReml-R V4和ASReml-SA更适合大数据的基因组选择分析,计算效率高,模型丰富,操作简单,在国际上应用广泛。
核心和亮点
※ 内容涵盖数量遗传学常见模型:半同胞全同胞模型、个体动物模型、单性状模型、多性状模型、阈值性状模型等;
※ 高效育种实战模块:包括批量处理单性状模型、批量计算遗传相关和表型相关、计算遗传进展和综合育种值等;
※ GWAS分析模块:本次培训将使用最新的免费R包ASRgwas,处理二分类性状的广义混合线性模型(GLMM),支持多个随机因子,考虑显性模型和上位模型,功能强大,结果可靠;
※ 基因组选择模块:单性状GBLUP和一步法,多性状GBLUP和一步法,rrBLUP和贝叶斯方法,结果形式包括模型评价和交叉验证等。
详细内容
一、R语言与数量遗传学
R语言及R包安装配置
读取数据和清洗数据
数据汇总统计和建模分析
数量遗传学基础与混合线性模型介绍
半同胞全同胞模型
动物模型(Animalmodel)
计算遗传力及标准误
计算BLUP的准确性和可靠性
二、数量遗传学常用模型
重复力模型分析
窝别效应模型分析
母体效应模型分析
阈值性状模型分析
三、数量遗传学进阶模型
环境相关(TypeB相关)
连续和连续性状模型分析
阈值和连续性状模型分析
阈值和阈值性状模型分析
四、育种数据分析高效实战
批量计算单性状模型
批量计算遗传相关和表型相关
如何计算综合育种值和遗传进展
五、全基因组选择(GWAS)
GWAS原理介绍及数据分析
ASRgwas软件包实战
连续性状GWAS分析及可视化
阈值性状GWAS分析及可视化
六、全基因组选择(GS)
全基因组选择介绍
基因型数据清洗
对基因型数据可视化:PCA和热图
如何构建A矩阵,G矩阵及H矩阵
GS模型:单性状GBLUP和多性状GBLUP
GS模型:单性状ssGBLUP和多性状ssGBLUP
交叉验证及模型评价
rrBLUP和贝叶斯方法演示
看一下有没有您所感兴趣的内容?你也想进行育种遗传参数评估和全基因组选择分析么?那不妨学习以上内容。
俗话说工欲善其事必先利其器,赶快加入学习队伍吧!