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文献晶体数据改进示例14(正己烷无序)

2023-10-19 09:06 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例来源:

Inorg. Chem.

2021

,

60

, 1315−1319 DOI:10.1021/acs.inorgchem.0c03534 CCDC:2046359   图形用户界面:Olex2

[1]

(版本:Olex2-1.5) 精修程序:SHELXL

[2]

(版本:SHELXL-2019/2) CIF文件下载:CCDC

[3]

官网   根据CCDC号从CCDC官网下到2046359.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如

图1

所示,发现正己烷的原子椭球变形严重,其电子云密度显示明显的第二组分位置,另外还用

SHEL指令

对分辨率进行了截断,外加

OMIT指

令从精修中忽略了大量衍射点。

▲图1 CCDC 2046359数据概览

  对该正己烷做两重无序处理,并辅以

SAME指令

SIMU指令

限制,异常的键长用

DFIX指令

限制,移除分辨率截断和衍射点忽略,最终结果如

图2

所示,Info>>Bad Reflections显示并无[error/esd]很大的离群点需要忽略,从I/σ(I) vs. Resolution来看,分辨率应该比0.72 Å还高,只不过数据还原时截断了,但其实也没必要用

SHEL指令

将分辨率截低至0.81 Å,这没什么道理。

▲图4 CCDC 2046359数据重新处理结果

  视频操作演示请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1Aw411Y7qr   结语 好的数据没必要为了追求所谓漂亮的指标而截断分辨率。   参考文献 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.

OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.

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