文献晶体数据改进示例14(正己烷无序)
案例来源:
Inorg. Chem.
2021
,
60
, 1315−1319 DOI:10.1021/acs.inorgchem.0c03534 CCDC:2046359 图形用户界面:Olex2
[1]
(版本:Olex2-1.5) 精修程序:SHELXL
[2]
(版本:SHELXL-2019/2) CIF文件下载:CCDC
[3]
官网 根据CCDC号从CCDC官网下到2046359.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如
图1
所示,发现正己烷的原子椭球变形严重,其电子云密度显示明显的第二组分位置,另外还用
SHEL指令
对分辨率进行了截断,外加
OMIT指
令从精修中忽略了大量衍射点。
▲图1 CCDC 2046359数据概览
对该正己烷做两重无序处理,并辅以
SAME指令
和
SIMU指令
限制,异常的键长用
DFIX指令
限制,移除分辨率截断和衍射点忽略,最终结果如
图2
所示,Info>>Bad Reflections显示并无[error/esd]很大的离群点需要忽略,从I/σ(I) vs. Resolution来看,分辨率应该比0.72 Å还高,只不过数据还原时截断了,但其实也没必要用
SHEL指令
将分辨率截低至0.81 Å,这没什么道理。
▲图4 CCDC 2046359数据重新处理结果
视频操作演示请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1Aw411Y7qr 结语 好的数据没必要为了追求所谓漂亮的指标而截断分辨率。 参考文献 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.
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