时空日报 | scPlantDB：用于探索植物细胞图谱的细胞类型和标志物的综合数据库

大家好，欢迎观看《时空日报》第46期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计7篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、scPlantDB：用于探索植物细胞图谱的细胞类型和标志物的综合数据库

scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases

Nucleic Acids Research; IF:14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad706

内容概要：该研究构建了一个名为scPlantDB的植物单细胞数据库，整合了来自17个植物物种的67个高质量数据集的单细胞转录组数据，包括约250万个细胞。该数据库提供了单细胞水平的基因表达交互式可视化，可用于单数据集和多数据集分析。同时，它还提供了工具来识别和比较基于标志物的细胞类型，并进行系统比较和功能注释。

2、油菜素内酯信号传导的细胞类型特异性衰减先于气孔不对称细胞分裂

Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF:11.100; DOI: 10.1073/pnas.2303758120

内容概要：通过单细胞转录组测序，发现油菜素内酯（brassinosteroid，BR）信号激活方式不同会产生不同的转录反应。研究表明，POLAR和其最近的同源物POLAR-LIKE1与BR INSENSITIVE2（BIN2）形成复合物时，BIN2对BR信号的敏感度会降低，从而导致气孔不对称细胞分裂前，BR信号传导的细胞类型特异性被削弱。

3、在人肾移植排斥中测序物理相互作用的细胞以推断依赖接触的免疫细胞转录

Sequencing of physically interacting cells in human kidney allograft rejection to infer contact-dependent immune cell transcription

Transplantation; IF:6.200; DOI: 10.1097/TP.0000000000004762

内容概要：通过结合CD45pos富集策略以及细胞转录组和表位的细胞索引测序，发现髓系-淋巴系物理相互作用细胞复合物表达了激活和促炎基因，而淋巴细胞与内皮细胞相互作用则富含NK和CD4 T细胞。此外，NK细胞-内皮细胞接触导致内皮促炎基因CXCL9和CXCL10以及NK细胞促炎基因CCL3，CCL4和GNLY的表达增加。

4、空间转录组图谱揭示猴子肺部微结构特异性COVID-19基因特征

Spatial transcriptome atlas reveals pulmonary microstructure-specific COVID-19 gene signatures in cynomolgus macaques

Communications Biology; IF:5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05253-8

内容概要：利用空间转录组图谱技术，研究了猴子肺部在新冠病毒感染急性期的基因表达变化，发现病毒诱导的细胞死亡引发的先天免疫反应主要发生在肺泡区域，涉及激活的巨噬细胞浸润。该研究强调了通过关注SARS-CoV-2感染期间出现的肺部微结构，识别疾病进展的关键驱动因素和临床适用的生物标志物的重要性。

5、人类气道上皮细胞异质性和基因表达的单细胞比较研究

A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution

Respiratory Research; IF:5.800; DOI: 10.1186/s12931-023-02514-2

内容概要：通过免疫荧光和scRNA-seq技术，对BCi-NS1.1衍生的人类气道上皮细胞（human airway epithelial，HAE）培养物和原代HAE培养物进行了表征。结果表明，BCi-NS1.1衍生的HAE培养物与原代HAE培养物在形态、细胞类型组成和整体基因表达模式上基本相似。因此，BCi-NS1.1衍生的HAE培养物是研究气道传染病的有价值工具。

6、表达转录本与COVID-19结果的共定位在细胞状态、细胞类型和器官中罕见

Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs

Human Genetics; IF:5.300; DOI: 10.1007/s00439-023-02590-w

内容概要：通过scRNA-seq和bulk RNA-seq对顺式-表达数量性状位点（cis-eQTLs）进行了孟德尔随机化（Mendelian randomization，MR）分析，发现大多数转录本在不同的细胞类型、细胞状态和器官中共定位的情况高度不一致。虽然鉴定了一些影响共定位的因素，但即使考虑到细胞类型、刺激状态和不同器官，表达转录本与COVID-19结果的共定位仍然存在噪声信号，需要保持怀疑态度。

7、β-Catenin转录活性是耳蜗发育过程中建立内支柱细胞特性的必要条件

β-Catenin transcriptional activity is required for establishment of inner pillar cell identity during cochlear development

PLoS Genetics; IF:4.500; DOI: 10.1371/journal.pgen.1010925

内容概要：通过两种不同的β-Catenin删除模型，发现β-Catenin转录功能的缺失导致内支柱细胞（inner pillar cells，IPC）的丧失和外支柱细胞（outer pillar cells，OPC）的增多，而β-Catenin的过度表达则促进IPC的增殖。单细胞转录组分析显示，缺乏β-Catenin转录功能的支持细胞失去IPC特征，获得OPC特征。最后，定向删除IPC中的β-Catenin也导致IPC身份的丧失。这些结果对未来基于IPC的毛细胞再生策略具有重要意义。

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