CheckCIF-PLAT002-007

PLAT002 Type_2 Report number of atom sites with distance/angle restraints

This ALERT reports the number of atomic sites that are flagged as distance or angle restrained (D-Flag)

此警告报告标记为距离或角度受限制的原子位置的数目(D标记)

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT002.html)

警告原因：精修中使用了DFIX、DANG等距离限制命令，可以在CIF文件中_atom_site_refinement_flags_posn上读出，该位上是D则表示被限制。

解决策略：一般无需解决，限制命令有合理解释即可。去掉一些非必要的限制可以消除。

PLAT003 Type_2 Report number of non-H atoms with Uiso or Uij restraints

This ALERT reports the number of non-H atoms that are flagged as handled with Uiso or Uij restraints (U-Flag)

此警告报告标记为已用Uiso或Uij约束处理的非氢原子数目(U标记)

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT003.html)

警告原因：精修中使用了ISOR、SIMU、DELU等温度因子限制命令，可以在cif文件中_atom_site_refinement_flags_adp上读出，该位上是U则表示被限制。

解决策略：一般无需解决，限制命令有合理解释即可。去掉一些非必要的限制可以消除。

PLAT004 Type_5 Report Dimensionality of polymer

This ALERT reports on polymeric networks and their dimensionality as found in the crystal structure.

Note: Polymeric structures can be legitimate or due to an erroneous structure analysis.

此警告报告在晶体结构中发现的聚合物网络及其尺寸。

注意：在高分子结构中是合理的，也可能是由与结构分析错误导致的。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT004.html)

警告原因：结构中存在多维结构。

解决策略：一般无需解决，有合理解释即可。需要注意检查是否有不正确的成键。

PLAT005 Type_5 Check for refinement instruction file

No embedded 'refinement details' records were found in the CIF. Acta Cryst. requires the inclusion of the last shelxl.res file (in case of a SHELXL or XL refinement or similar for non-SHELXL refinement programs) in the CIF, embedded between records with semicolons in position 1, preceded by an '_iucr_refine_instructions_details' record.

Note: SHELXL20xy will automatically include the final .res as an embedded comment with the dataname '_shelx_res_file'.

CIF中找不到嵌入的“精修细节”记录。Acta Cryst.要求CIF中包含最后一个shelxl.res文件(当使用SHELXL或XL精修程序时，对于非SHELXL精修程序，则要求类似的文件)，该文件嵌入在位置1中带有分号的记录之间，前面是“_iucr_refine_instructions_details”记录。

注意：SHELXL 20xy会自动以数据名“_shelx_res_file”将最后的res作为嵌入注释包含在CIF中。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT005.html)

例：PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details in CIF .... ?

警告原因：CIF文件中缺少res文件。

解决策略：将res文件内容加入“_iucr_refine_instructions_details”项后，或使用ShelXL2014及以上版本进行精修可以自动将res文件加入到CIF文件中。

PLAT006 Type_5 Check for Extinction parameter refinement

This ALERT reports the refinement of an extinction parameter.

SHELXL corrects Fobs values in the FCF for Extinction. JANA not.

此警告报告消光参数的精修。

SHELXL会纠正FCF中的Fobs值以进行消光，JANA则不会。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT006.html)

警告原因：精修中采用了消光精修(EXTI)。

解决策略：一般无需解决，有合理解释即可。需要注意检查消光系数是否有意义，即值远大于误差。

PLAT007 Type_5 Report on unrefined D-H atoms

It is standard practice to refine Hydrogen atoms on hetero atoms as proof of their correct assignment.

标准实践是在杂原子上精修氢原子，以证明其指认正确。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT007.html)

例：PLAT 007_ALERT_5_G Number of Unrefined Donor-H Atoms

警告原因：有氢键供体原子进行了限制性精修。

解决策略：去掉AFIX命令，将供体原子上的氢坐标照自由变量精修。