文献晶体数据改进示例12(甲基磺酰基和吡啶基无序)

案例来源：Cryst. Growth Des. 2023, 23, 2980−2987.

DOI：10.1021/acs.cgd.3c00082

CCDC：2179380

图形用户界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）

精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）

CIF文件下载：CCDC[3]官网

根据CCDC号从CCDC官网下到2179380.cif文件，用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看，如图1所示，上面的甲磺酰基中的S–C键（S1–C17）和S=O键（S1–O1）键长不正常，两个均为1.6 Å左右，这显然是有问题的；下面的甲磺酰基的键长是正常的，S–C键（S2–C31）键长为1.75 Å，S=O键键长为1.44 Å左右。

在Olex2中按下快捷键Ctrl+M查看其差值电子密度图，如图2所示，C17周围为绿色电子云密度（表明此处应为比C更大的原子），O1周围为红色电子云密度（表明此处应为比O更小的原子），考虑到原子类型没错，那只能说明此处O1和C17均不是全占位，也就说该基团存在无序，另外观察图中央的吡啶环原子椭球，表明该吡啶环也存在轻微无序。

按前述分析对键长存疑的甲磺酰基和吡啶基做无序拆分处理，并用DFIX指令、SADI指令、ISOR指令和SIMU指令等对相关原子进行适当限制，最终结果如图3所示。

视频操作演示请参阅：https://www.bilibili.com/video/BV1pz4y1F7Wb

结语

结构解析精修过程中应当注意观察原子椭球，键长，电子密度等相关信息，综合考虑，如果存在无序，则应进行适当的无序处理。

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

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[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.