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文献晶体数据改进示例11(金刚烷基无序)

2023-10-18 14:04 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例来源:J. Org. Chem. 202388, 4345−4351.

DOI:10.1021/acs.joc.2c02944

CCDC:2190301

         

图形用户界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下载:CCDC[3]官网

         

根据CCDC号从CCDC官网下到2190301.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如图1所示,其金刚烷基的碳原子椭球形变严重,周围的Q峰形成另一个金刚烷基构象。

         

▲图1 CCDC 2190301数据概览


         

对该基团做二重无序处理,以SAME指令和SIMU指令对其进行限制,最终结果如图2所示。

▲图2 CCDC 2190301重新处理结果


         

视频操作演示请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1LC4y1d782

         

结语

对于明显存在的无序,应当进行适当处理,此举不仅可改善数据指标,还可避免被审稿人打回重新处理而增加时间成本。

         

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 200942, 339–341.

[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELXActa Cryst. 2008A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXLActa Cryst2015C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019A75, 50–62.

[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016B72, 171–179.


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