宏基因组学习日志—2022.7.2

宏基因组学习日志—2022.7.2

 

常用命令—文件查看

cat:显示文档的所有内容，往往与重定向配合使用，将多个文档串联起来

more（文本过长时使用）：分屏显示文件内容。显示过程中按“enter”显示下一行，按“space”显示下一页，按“b”键显示上一页，按“/”键可以执行查找功能；按“q”键退出。

less（适用于大文件）:可查看文件内容

less -S（大写）：分列显示，通过左右键移屏

head -n file:显示头几行，n默认为10行（默认为10时不需要“-”，即$head file）

eg:前三行：$head -n 3 file

Tail -n file:显示 文件末尾几行，n默认为10

grep “keyword’’ file:显示带有关键字的行

进入文件页面后，检索：$：/_（输入检索词，如protein）

eg:$grep -n ‘204’  file（检索204时，加上n,可查看行号）

$grep -i ‘BMK’ file（-i表示检索BMK时忽略大小写）

$grep -v ‘bmk’ file（表示检索后输出不包含bmk的行）

 

常用命令—文件编辑

vi:

vi filename:可新建一个文件

进入之后，输入i键，下方显示insert,可对文体进行编写

保存退出：按ESC键，输入：wq(包括：）

不保存退出：按ESC键，输入：q!(单独q也行，通常是未编辑时使用，加上！表示强制退出）

单纯的保存：按ESC，输入：w

 

常用命令—压缩和解压缩

$gzip:将文件压缩并压成“.gz”结尾的文件（gunzip解压）

$bzip2:将文件压缩并生成“.bz2”结尾的文件（bunzip2解压）

以上两个方式只能对文件进行压缩

tar -f[cxzjv]<file>  此方式可对目录进行打包

参数：

-f 必加参数

-c 创建备份文件（打包）

-x 从备份文件中还原文件（解包）

-z 调用gzip/gunzip来解压或解压文件

-j 调用bzip2/bunzip2来压缩或解压文件

-v 显示命令执行过程

tar -czvf newfile.tar(压缩后文件的命名) file1 file2(1和2文件为压缩的目标文件）

tar -xzvf newfile.tar(表示解压缩该文件）

注：tar打包后原文件不会消失，因为c只是创建备份

对目录的打包压缩,以linux为例：

eg:$tar -zcf linux.tar.gz linux/

$gzip -d也可用于解压

eg:$gzip -d stat.txt.gz