使用 IPA分析给定基因影响的生化途径

使用 Ingenuity Pathway analysis 程序（IPA； https: //analysis.ingenuity.com）进一步分析 **差异表达基因（DEGs）影响的生化途径。

IPA 的核心组件是 Ingenuity Pathways Knowledge Base (IPKB)，其中包含一个精选基因集和 330 多个生化通路的生物学功能、相互作用和其他相关信息。这种基于通路的软件旨在从给定的基因列表中识别全局规范通路、动态生成的生物网络和全局功能。

基本上，将带有符号或相应的 GenBank 登录号或两者的基因上传到 IPA 中，并使用 IPKB 的整个基因集作为背景与每个规范途径中包含的基因进行比较。提取了具有与候选基因重叠的一个或多个基因的所有途径。在 IPA 中，这些途径中的每一个都被分配了一个p通过 Fisher 精确检验得出的值，表示通路和输入基因之间重叠的概率。

翻译于PMID: 23874651