“计算机辅助药物设计技术与应用”

生物分子互作基础——生物分子互作用研究方法

蛋白数据库——PDB 数据库介绍、PDB 数据库的使用

蛋白结构分析——Pymol 软件介绍、Pymol 软件使用、实例讲解与练习

同源建模——同源建模原理介绍、Modeller,Swiss-Model 同源建模、实例讲解与练习

小分子构建——ChemDraw软件介绍

小分子化合物库——小分子数据库

生物分子互作用Ⅰ——分子对接软件（Autodock或薛定谔) 使用、半柔性对接、对接结果评价、柔性对接

虚拟筛选——分子对接用于虚拟筛选（Vina或薛定谔）

生物分子互作用II—— 预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK或DS中的ZDOCK模块）

构效关系分析——3D-QSAR模型构建（Sybyl软件）

分子动力学模拟——Gromacs 进行分子动力学模拟、 分子动力学结果分析、 结合自由能计算

 “理论计算化学基础暨Gaussian入门+进阶实战与应用”

一、计算化学理论及程序入门操作 、理论计算化学简介、Gaussian及GaussView操作基础及应用

二、Gaussian基础操作及实际计算过程——掌握文章中初级结构示意图的输出、几何优化、实时监控优化过程、优化中出错的解决、振动分析、高斯计算过程常见报错信息总结及解决办法

三、Gaussian进阶操作Ⅱ：过渡态、势能面、IRC计算、化学反应及反应路径计算

四、Gaussian计算实践专题与应用——反应热力学性质计算、评估反应计算、模拟文献计算方法、静电势及预测位点计算

“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”（第十期）

1.分子动力学模拟基础----分子模拟入门理论

2.GROMACS入门操作

3.GROMACS建模方法 ——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础

GROMACS初级分析工具讲解 ——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力

4 .GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程

复杂体系建模分析——伞形采样 计算结合自由能、 药物分子开发溶剂筛选、 固/晶体建模仿真、磷脂双分子层生物膜建模

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