第二防区是百年前为了应对足以造成文明灭绝的大规模战争而建立的防御性设施,分布在大陆各地,建筑贯通地底足有十数公里。地上部分设有波谱干扰装置,使其免于直接暴露于外界。因其足够隐蔽,不少涉密项目都部署于其地下部分。
地下部分使用了人工光照,用以模拟地面上的昼夜,也可以种植一些植物。于外界的出入口分布各处,且设有许多冗余。
地面部分与一般的城市并无多大区别,地下则是由所属的军事辖区和地方政府直接管理。