自然界中发现的蛋白质大小从5kDa到400kDa不等。蛋白质水解过程将蛋白质切成较短片段，即肽段，蛋白质水解是肽质谱鉴定分析之前至关重要的一步，是蛋白质鉴定和表征、生物标记物的发现成功进行的基础。尽管质谱可以研究完整的蛋白质，但是较小的肽更容易进行蛋白质鉴定。且可提高蛋白质的覆盖率，因为蛋白质覆盖率由于溶解性和异质性可能会降低。因此，最常见的蛋白质组学方法往往会利用位点特异性酶切位点来产生较小的多肽片段。质量较小的肽段更容易通过高效液相色谱（HPLC）和HPLC偶联质谱进行分离和表征。

蛋白质水解的流程

1. 制备裂解液；
   2. 溶液内或凝胶内进行酶切;
   3. 使用离液剂（如尿素和胍）使蛋白质变性；
   4. 使用DTT还原二硫键；
   5. 使用碘乙酸或碘乙酰胺将半胱氨酸烷基化；
   6. 去除试剂和交换缓冲液；
   7. 在适当的pH和温度下，用胰蛋白酶或其他蛋白酶在碳酸氢铵缓冲液中过夜变性约18小时；
   8. 加入酸类物质终止酶切。
   9. 蛋白质富集/清洗。