文献晶体数据改进示例5(降低残余峰)

案例来源：Dalton Trans. 2022, 51, 7530–7538.

DOI：10.1039/d2dt00121g

CCDC：2074688和2074732

 

图形用户界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）

精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）

CIF文件下载：CCDC[3]官网

 

根据CCDC号从CCDC官网下到2074688.cif文件，用Olex2打开查看，如图1所示，最大残余电子密度峰Q1（Max Peak = 1.0）位于氯原子附近，且处于氯原子椭球拉伸变形方向，推测该氯原子可能存在无序，其中针对四乙基胺原子的SIMU指令限制范围（3.8）过大。

 

从图1可知，其I/σ(I)高达55.7，但分辨率只有0.81 Å，检查发现ins中使用指令“OMIT –1 52”对分辨率进行了截断，观察其I/σ(I) vs. Resolution图可知，其分辨率远高于0.81 Å，至少可达0.77 Å，如图2所示。

 

因此，将SIMU指令范围从3.8降为2，并移除分辨率截断指令“OMIT –1 52”，在对氯原子做无序拆分处理，最大残余峰从1.0降为0.4，且R因子亦有极大改善，最终结果如图3所示。

 

CCDC 2074732的情况与2074688类似，如图4所示。

 

按同样方式对该数据进行处理，最大残余峰从2.4降为0.3，R因子有极大改善，最终结果如图5所示。

 

这两个数据处理前后各项指标对比如下表所示

 

视频操作演示请参阅：https://www.bilibili.com/video/BV11w411a7iX

 

结语

本案例中令人费解的一点是用OMIT指令截断分辨率，实在想不通这一点，正常来说人们追求的目标就是高分辨率，而且案例中的数据明明分辨率至少有0.77 Å，却还是人为将其降为0.81 Å，可能是原来的解析人员想通过截断分辨率来改善R因子，然而通过上述行文可知，其努力方向不对，只要将明显存在的无序进行合理的处理，那么各项指标自然可以得到相当程度的改善。

 

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.