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话不多说,开门见山,小云今天给大家分享的潜在生信热点就是它—趋化因子!

1、那什么是趋化因子呢?
简单直接版本:管理免疫细胞向各自位置迁移的蛋白。
学术定义版本:趋化因子(chemokines)是一类由细胞分泌的小细胞因子或信号蛋白。由于它们具有诱导附近反应细胞定向趋化的能力,因而命名为趋化因子。趋化因子蛋白都很小,分子量约8-10 kDa,趋化因子的主要功能是在炎症和体内平衡过程中管理白细胞向各自位置的迁移(归巢)。趋化因子被分为四个主要亚家族:CXC、CC、CX3C和XC。所有这些蛋白都通过与趋化因子受体相互作用来发挥其生物学效应。
小云翻译版本:在正常生理环境下的免疫细胞游走/回到淋巴结、或者在感染和炎症过程中,调动免疫细胞到损伤/感染部位,都需要一位向导指挥免疫细胞该往哪里走,这位向导的名字就叫趋化因子。
大家都知道跟团出去旅游的时候,不同的旅游团都会有一些个性化的标志,比如统一佩戴小红帽之类的标识,每个团配一个导游。
类似的,趋化因子这位向导也会根据免疫细胞上对应的标识(趋化因子受体),来特异性引导某些免疫细胞移动到特定位置。
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2、那为什么说趋化因子是潜在生信热点呢?
(1)涉及到免疫和炎症相关的疾病都能与趋化因子关联,而且趋化因子也是高分杂志关注的热点方向之一,发文数量逐年增加。
比如,今年7月发表在Science Immunology上的一篇文章重点介绍了趋化因子CXCL9和CXCL10与肿瘤的关系,说明了趋化因子(尤其是CXCL9和CXCL10)是促进免疫细胞向肿瘤招募的关键,可以介导T细胞浸润,使肿瘤微环境变“热”。这些趋化因子可能在临床中增加免疫治疗的效果。
而且,已经有一些单克隆抗体和趋化因子受体抑制剂应用于恶性肿瘤的临床治疗了。例如,CXCR4拮抗剂(AMD3100)被用于治疗复发或难治性急性髓系白血病(AML);CCL2抑制剂(CNTO 888)用于治疗转移性前列腺癌等等。因此,研究趋化因子及其受体具有很大的临床意义。

(2)目前,基于趋化因子进行生信分析的文章并不多,说明通过生信分析趋化因子是个非常好的分析思路,是潜在的生信热点方向!
那么按照惯例,小云肯定要找一篇趋化因子相关的生信文章给大家分享。今天就带大家看一篇5分+分析趋化因子和趋化因子受体的生信文章。

发表时间:2022年7月
发表杂志:American journal of cancer research
影响因子:5.942
文章题目:趋化因子和趋化因子受体在胃癌中的作用及预后价值

数据信息

研究思路
首先,分析TCGA数据库中胃癌数据集中63个趋化因子和趋化因子受体(CCRs)突变的特征。然后筛选差异表达的CCRs,进行GO功能注释和KEGG通路分析。采用多变量Cox回归分析,构建基于四个CCRs的风险评分,然后构建诺姆图来评估GC患者的预后。对高、低风险评分组进行GSEA和GSVA分析,并分析风险评分与免疫细胞浸润的相关性。
主要研究结果

总结
既然趋化因子与免疫细胞迁移密切相关,而免疫与多种疾病都有千丝万缕的联系。那么在趋化因子在其它类型的肿瘤和非肿瘤疾病的免疫微环境中是否也发挥作用呢?非常值得我们利用生信分析的方法先一探究竟。分析趋化因子或趋化因子受体的生信思路,立意新颖、创新性高,感兴趣的小伙伴们快快行动起来吧!
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