碱裂解法提取质粒是根据共价闭合环状质粒DNA之间在拓扑学上的差异而达 到分离目的。PH 介于12.0~12.5时,线性DNA变性,双链打开,而质粒DNA虽变性,但两条互补链彼此缠绕,当PH恢复到中性时,质粒DNA可迅速准确的完成复性,而线性DNA复性较困难,缠绕成网状,通过离心可沉淀除去。