简单说说《尼尔：机械纪元》讲了什么故事
正如最终幻想XIV 4.0资料片《红莲之狂潮》的大型任务24人本联动了《最终幻想12》《最终幻想战略版》的伊瓦利斯世界观，FF14 5.0的24人本也联动了《尼尔：机械纪元》。今年2月4日，国服即将更新5.1版本，其中就包含24本的第一阶段。为了更好地理解5.0 24人本的相关剧情，也为了不错过《尼尔：机械纪元》这样一部具有非常优秀剧情的作品，在这里我们简单地了解一下其剧情。
关于《尼尔：机械纪元》，其世界观与《龙背上的骑士》以及系列前作《尼尔：伪装者》相通。这些作品和《尼尔：机械纪元》的关系，在网上已经有非常多的资料，我就不赘述了。这里，我只想就《尼尔：机械纪元》本身的剧情做一个记录，由于只是我个人体验游戏后的记录，因此可能出错，还请大家发现错误后在评论区指正补充。
《尼尔：机械纪元》有三周目26个结局，其中通关一周目达成A结局，通关二周目达成B结局，一周目和二周目剧情实际上是平行关系，只是玩家视角不同，二周目会揭露更多背景剧情。因此我会把一二周目的剧情放在一起说，一周目为正常字体而二周目新增剧情为蓝色字（知乎有斜体，B站好像没有，B站的引用内容不能改颜色，实际上所有的引用内容都是二周目才能看到的），还请大家注意虽然剧情是放在一起说的，但蓝色字内容是后来才知道的。三周目剧情接续一二周目，三周目可达成C结局或D结局，达成其中一个结局，再通过通关后的选关模式达成另一个结局可以进入E结局。除此之外，还有另外21个结局，但这些结局大都比较搞笑（比如在基地内自爆，比如对队友见死不救，比如吃鱼被毒死），并不算正式剧情内容，篇幅有限这里不赘述，一些支线剧情，也不赘述，另外也不会有截图。
一二周目
所有的存在都是为了被毁灭而设计出来，这生死的轮回究竟是诅咒还是惩罚？
在遥远的未来，外星人派出了机械生命体进攻地球，而少数人类则躲到了月球。之后的时间里，地球成为了一片废土，被机械生命体所占据，月面人类会议则不断向地球派出仿生人展开作战。现在YoRHa部队的2号战斗型仿生人2B就被派往地球的废弃工厂消灭敌方大型兵器，一切都为了人类的荣光。
但由于敌人的攻击，2B的队友全部被击破，最后只剩下2B到达了废弃工厂，为了支援2B，司令部联系到了在附近执行任务的9S。
“哥哥”，一个矮小的机械生命体如此呼唤着另一个较高的机械生命体。为了拯救“哥哥”，它为它找来了机油。这一切都看在了9S眼里，但他知道机械并不能理解情感。作为扫描型的9S可以骇入敌机内部，从而引发自爆或远程操控（骇入过程类似于弹幕射击游戏）。现在为了配合降下作战，9S的任务就是破坏敌方的防卫系统。完成任务之后9S接到了支援2B的命令。
到达废弃工厂后，2B脱出飞行单位开始和机械生命体近战，每个YoRHa部队的仿生人都配备随行支援单位POD，支援2B的是POD042，支援9S的是POD153。在击破数个机械生命体后，2B终于见到了废弃工厂中的巨臂型机械生命体马克思，就在2B和马克思苦战时，9S驾驶飞行单位赶到击破了马克思。之后2B和9S分别在内外部搜索目标大型兵器。作为扫描型，9S很少能够和其他YoRHa部队成员一起行动，因此对2B非常热情，2B则高冷地提醒9S，YoRHa部队禁止拥有感情，不过也让9S不必对她用敬称。
探索遍了整个工厂也没见到大型兵器，但其实大型兵器恩格斯就是工厂的一部分。为了保护2B，9S被击飞到了恩格斯的顶部平台。破损的9S用自我骇入的方式修复了自己的各个系统。之后，他一边让POD153防卫，一边优先向月球上的地堡传输2B的数据。最终9S夺取了恩格斯的巨臂，2B得以将其彻底消灭。但还来不及喘息，水中又出现了三台恩格斯。2B和9S知道自己已经无力再战，他们依偎在一起使出了最终手段，使用体内的黑匣子自爆……
作为YoRHa部队的仿生人，只要保有数据就可以在月球的地堡内用义体重生。然而9S当时并没有来得及上传记忆数据，重生后的他并没有与2B共同战斗的记忆，而2B只是提醒他不必对她用敬称。
司令部让2B和9S一起行动，去联络地球废墟都市的仿生人抵抗组织。在取得抵抗组织的信任后，抵抗组织的领袖银莲让二人去往沙漠调查机械生命体。
绘本：在久远的过去，神随着喷发的火山出现，神教会了机械们各种情感，教会了它们生命的意义。
深入沙漠，发现沙漠中有着带着假面说着话的机械生命体（尼尔前作就有沙漠中的假面之国），两人一路跟随一路消灭机械生命体，最后来到了一排高大的建筑物前，方正的外立面，密集的窗户，这里正是过去人类的社区。
在这社区里竟聚集着大量机械生命体，甚至还有机械生命体像人类一样养育着小型的机械生命体。随后聚集的机械生命体越来越多，形成了茧的形状。之后，一个有着仿生人或者说人类外貌的机械生命体亚当诞生了。在2B和9S的配合下，亚当被击倒在血泊中，但另一体又从他的肋骨处出现，此时周遭的地层开始坍塌，2B和9S立刻撤退。
一段时间后，司令官又让二人调查失踪的YoRHa部队成员，追踪着他们的黑匣子信号二人来到了一处废弃的游乐园。
绘本：机械有了宝物，但每个机械的宝物却有着不同的形状。
在这里，机械生命体们扮成小丑举行着盛大的游行。最后二人乘着过山车进入了游乐园的剧场。在剧场中的是一个名为波伏娃的歌姬机械生命体，她将YoRHa部队改装成了自己的装饰品和武器。战斗中，波伏娃骇入了2B内部，而9S在帮2B防御过程中也看见了波伏娃过去的记忆：为了得到一个戴着礼帽的机械生命体的青睐，波伏娃决心变得美丽，为此她模仿人类用宝石装饰自己，学会唱歌，甚至听信吃下仿生人义体会变美的传言，但那个戴着礼帽的机械生命体始终不为所动。最终波伏娃还是被2B和9S消灭。
走出剧场的2B和9S遇到了一个举着白旗的机械生命体，它带着二人来到了友善的机械生命体村落。
另一边，亚当和从他肋骨处诞生的夏娃（两个人外表都是男性）根据人类的记载穿上了内裤，摆起长桌吃着苹果，亚当答应夏娃，吃完苹果就陪他玩耍。
村中的这群机械生命体主动脱离了网络，奉行和平主义，他们的领袖名为帕斯卡尔，他也早就和银莲有过接触。（而在这个村落里有一个带着礼帽，名为萨特的机械生命体，他认为存在先于本质，对于追求者不屑一顾。）
就在二人为帕斯卡尔和银莲做交易时，废墟都市内发生了异响，原来是有两台恩格斯在大肆破坏。在击破第二台恩格斯时，它的爆炸引发了地面的坍塌，形成了地下空洞，而地下检测出了消失多年的外星人的信号。离现场最近的2B和9S立刻进入地下探查，在最深处发现了外星人的舱室，然而里面只有外星人的尸体和它们坠毁的母舰。这时亚当和夏娃也出现了，原来外星人早已被它们的造物也就是机械生命体消灭，现在机械生命体所感兴趣的是会爱也会恨的人类。交战一段时间之后，亚当和夏娃就撤退了。
绘本：一个机械杀死了父母，他体会到了成长的喜悦和孤独的落寞。
2B和9S将外星人灭亡的信息上报给了司令官，这条信息成为了最高机密。司令官让二人继续从帕斯卡尔那里获取更多机械生命体的信息。
从帕斯卡尔那里得知，在森林深处还有一群机械生命体，他们脱离了网络建立了封闭的王国。（去往森林之国的途中会遇见与前作相关的人物埃米尔，不过后续剧情都是支线任务这里不记录。）在森林中，2B和9S竟真的遇到了自称骑士团的机械生命体。
256年前，一群机械生命体被分配到了环境恶劣的森林，其中一个高大的机械生命体宣布建立属于它们自己的王国。128年前，国王能源耗尽最终死去，而骑士团将国王的数据导入到了一个婴儿外形的机械生命体中，决定将它培养成新王。4小时前，骑士团们发现国王始终长不大，但他们依然发誓效忠于可爱的国王，而这时外面有入侵者闯入了王国。
2B和9S深入到了森之王国的城堡内，但没想到国王竟是一个婴儿外形的机械生命体伊曼纽尔。而这时，一个YoRHa型的仿生人突然从天而降直接将其杀死。根据司令部的情报，她是逃兵A2，旧型号的攻击型2号。9S质问A2为什么要叛逃，但A2却说司令部才是真正的叛徒……当2B和9S还要深追时，A2已经失去了踪影。
绘本：无论多么恶劣的环境，一群机械始终团结在一起，它们并不知道理由，也许也不需要理由。
司令部无法透露更多关于A2的情报，帕斯卡尔也并不了解A2，回到抵抗组织营地，银莲请求二人去往水没都市为太平洋上的航母补给行动护航。
亚当和夏娃读起了书，根据书中的记载，夏娃是女人的名字，于是夏娃提议他们应该改名为该隐和亚伯，但亚当认为人类不会轻易改自己的名字。亚当答应夏娃，读完了书就陪他玩耍。
2B和9S刚清理了沿岸的机械生命体，就接到司令部通知说航母遭到猛攻，两人驾驶飞行单位赶到，发现水中竟升起了一个巨鲸外形的机械生命体格律恩，将航母直接咬碎。就在二人苦战之时，4B带领增援赶到，而2B和9S趁机用沿岸的炮台将炮弹喂到了格律恩的嘴里。然而巨鲸只是它的头部，在受到攻击后这个巨兽在海中站了起来，这时帕斯卡尔也来帮助2B和9S，根据帕斯卡尔的记忆和司令部的情报，三百多年前格律恩曾被投入使用，让当时的仿生人部队全灭，但登陆的格律恩却失控开始攻击其他机械生命体，因此后来被废弃到了海中。面对如此强敌9S心生一计，独自脱离了战线，但2B相信他不会当逃兵。最终2B破坏了格律恩的多个EMP护盾，而9S则骇入原本补给航母用的导弹，将格律恩彻底炸毁。巨兽爆炸的冲击波掀飞了在场的所有YoRHa部队，司令部的通信也一度中断。
绘本：一个拥有巨力的孩子虽然想要成为好人，却总是无意间伤害别人，最终被抛弃到了深海中，绝望地呼唤着妈妈。
8小时后，2B在岸边苏醒，但9S却不见踪影。为了寻找9S，2B从抵抗组织营地的双子仿生人迪波尔和波波尔那里要来了扫描器，情报最终指向了地下的空洞中。
而此时，9S误入了机械生命体的网络中，他发现机械生命体竟记载和模仿着人类文明。之后9S又被网络中的亚当发现，亚当告诉9S，一切的生命都被欲望所囚禁，有些生命的欲望是美丽，有些生命的欲望是安定，而亚当的欲望则是憎恶。尽管9S极力否定亚当的言论，但亚当还是指出，9S也有各种欲望，其中更是有对于2B的欲望。
2B进入地下空洞，乘着电梯到了最底层。在这里，记载中人类曾经生活的街道被纯白色的材料复制了出来。在最深处等待2B的正是亚当和被囚禁起来的9S。亚当认为人类的本质就是斗争，但接入网络的机械生命体是不死的，为了探寻斗争、生存、死亡的意义，亚当主动断开网络，并用9S的生命引发2B的憎恶，只求一战。
绘本：机械们找到了自己的宝物，一些机械的宝物是家人，一些机械的宝物是兄弟，一些机械的宝物是美丽，而一些机械的宝物则是憎恶。
最终2B还是战胜了亚当，而亚当也体会到了死亡的黑暗与寒冷。
2B将9S送回地堡维修，之后又向帕斯卡尔问起了机械生命体的事情，而最近又有一群脱离网络的机械生命体占据了废弃工厂，向帕斯卡尔提出和平协议，帕斯卡尔邀请2B也一起过去。这群机械生命体信奉神明，要带2B和帕斯卡尔去见他们的教祖，然而当2B和帕斯卡尔来到教祖克尔凯郭尔面前时，克尔凯郭尔却刚好死去，而周遭的信徒机械生命体们认为教祖已经成神，于是他们也要通过死亡成为神，开始互相攻击。面对疯狂进攻的机械生命体，2B向地堡发出了支援请求。
回到地堡维修的9S为了防止机械生命体的逻辑病毒，通过自我骇入检查各项机能，但在连入地堡的服务器时受到了不明噪音的影响。为了调查噪音，9S终止了数据的同步上传，并打开了服务器端口。在调查过程中，9S无意间发现了一份机密情报，令9S疑惑的是情报显示YoRHa部队的建立在月面人类会议之前……这时9S受到2B的支援请求，立刻结束了检查，通过地堡的终端机骇入了废弃工厂内的机械生命体，找到了2B。
2B想办法从工厂内部逃脱，而9S骇入了工厂的系统中，废弃的工厂内部还保留了21世纪人类研究格式塔计划的计划书。21世纪初，由于新宿上空出现了巨人和红龙的事件，一系列变故后人类患上了名为“白盐症”的传染病，最终人类的解决办法是将肉体和灵魂分离，克隆出不具有自我意识的复制人，等到疫情过去后再让灵魂回归，这就是格式塔计划。（和前作剧情相关）
在工厂内的2B遭到了大型多足机械生命体庄子的阻拦，好在最后9S切断了工厂的供电，让2B击败了墨子。
绘本：经历诸多冒险，机械们的灵魂从铁皮中解脱出来得到永恒的救济。
9S帮助2B击退了敌人，但司令官已经发现9S对服务器的访问经历，9S也就直接问司令官为何YoRHa部队的设立会在月面人类会议之前。司令官向9S坦言人类早已灭绝，如今在月球上保存的只是人类留下的信息数据而已。原来格式塔计划最终失败，早在外星人进攻地球之前人类就已经灭绝。为人类服务的仿生人因此失去了战斗的意志，为了提升士气，才有了月面人类会议的谎言。人类的存在是仿生人的自我造神，知道了如此颠覆的真相，9S一时也不知道该如何向2B诉说。
夏娃也知道亚当已经死去，失去了亲爱的哥哥，夏娃决定把敌人全部杀死。
刚从废弃工厂离开的2B就收到抵抗组织的支援请求，现在各处的机械生命体都开始发起猛攻。2B才刚解救抵抗组织，营地外就又出现了大型多足机械生命体墨子。地堡内的9S也收到信息驾驶飞行单位支援2B。就在2B和墨子苦战时，9S赶到用飞行单位直接将其砸毁。而在墨子内驾驶的正是夏娃。夏娃用重力将周围的机械生命体聚成一体供他操控，他要破坏这个没有哥哥的世界，而2B和9S也决心打倒夏娃终结机械生命体的暴走。虽然一度将夏娃压制，但他却能通过其他的机械生命体恢复能量，于是9S骇入其内部。9S发现夏娃的内部已经发生了数据崩坏，尽管POD153提醒数据崩坏已经导致9S自身被感染，但9S已经顾不得这么多。在夏娃的内部最深处，有着一座房子，夏娃和亚当就坐在长桌前，夏娃并不讨厌战斗，但他害怕哥哥受伤，他只想和哥哥安安静静地生活……
9S终于阻止了夏娃的能量恢复，但2B和9S也已经因为战斗而支离破碎，最终在两台POD的援护之下，2B拼劲最后的力气消灭了夏娃。夏娃最后还呼唤着“哥哥”。
但此时，9S的逻辑病毒也开始发作，为了不把病毒上传至地堡，9S让2B杀死他。虽然YoRHa型仿生人可以通过义体复活，但9S又将失去与2B共同战斗的记忆。最终2B也只能含泪掐死了9S。而他们身边出现了两个红衣少女的身影。
战斗终于结束，但此时，周边的机械生命体残骸又闪烁出了友善的信号，原来9S无意在机械生命体的网络中上传了备份，之后上传至地堡还可以将记忆保存到新义体中。
回想起夏娃最后的呼唤，2B不禁思考，同样拥有爱与恨等各种情感的机械生命体和仿生人究竟有何区别？
居于领导地位的亚当和夏娃被击败了，2B和9S的战斗还没有结束。9S也回到了地堡，只是他还不知道如何把真相告诉2B。
（通关一周目达成A结局，开启二周目。通关二周目达成B结局，开启三周目。标题画面从废墟都市变成月之泪花海。月之泪是前作剧情中的关键物品，也与本作的埃米尔支线剧情有关。）
三周目
亚当和夏娃被消灭了，司令部准备对机械生命体展开反攻，而2B也穿上重型装备参与作战。9S的任务则是瘫痪敌人在地球上的防卫系统，完成之后攻击部队就开始降下地球开始战斗。
作为游击部队的2B和9S帮助各个攻击部队消灭敌人，最后大家都聚集到了一起。此时一群机械生命体突然从天而降，对大部队发起了EMP攻击，由于9S的及时救助，2B没有大碍，但其他YoRHa部队却都被逻辑病毒所感染，向2B和9S发动了攻击。9S骇入2B内部摧毁了2B对YoRHa部队的识别认证从而得以反击，但始终联络不上地堡的司令部。面对众多的YoRHa部队，9S提议用地堡的后门端口上传数据，然后用黑匣子自爆。
在地堡内醒来的二人马上去通知司令官，但司令部这边显示一切正常，司令官反而怀疑2B和9S才是被感染了。但很快，司令部内除了司令官以外的其他人全都被感染。2B和9S带着司令官一路逃到了机库，但最后关头司令官却不准备离开，她意识到除了一直没有上传数据的9S以外，包括她自己在内都无法逃避被感染的命运，于是让2B和9S赶快逃跑。随着2B和9S驾驶飞行单位逃离，地堡最终爆炸。
但被感染的YoRHa部队很快也驾驶飞行单位追了上来，2B借口集中火力控制了9S的飞行单位，却自己吸引住敌人，把9S带离了交战空域。2B迫降到了地面，在消灭数个机械生命体后，2B也遭到了感染。就在2B即将被完全感染时，A2出现了，2B把储存自己记忆的刀托付给了A2。而另一边，9S降落后立刻开始寻找2B，但他见到2B时，2B已被A2杀死，A2也切断了自己的长发。看见2B被杀，9S愤怒地想要杀死A2，但就在这时，地面上升起了白色的高塔，A2和9S都被振飞。
两周后A2终于醒来，由于2B最后给POD042的指令是支援A2，所以A2也只能任由POD042跟随。面对POD042每隔30秒一次的提问，A2也只能说出自己的行动目的就是杀更多的机械生命体，于是POD042建议她去沙漠消灭大型机械生命体。在沙漠中，A2遇到了环节型机械生命体黑格尔，在战斗的最后，黑格尔骇入了A2的记忆系统，黑格尔的记忆，2B刀中的记忆以及A2自身的记忆混杂在了一起。最终A2将黑格尔消灭。
5分42秒后A2醒了过来，但在沙漠中战斗让沙子进入了过滤器中。POD042建议去抵抗组织营地交换过滤器，在营地门口，A2发现有机械生命体正在袭击帕斯卡尔。A2憎恨机械生命体，但帕斯卡尔的友善还是让A2饶了他一命。银莲是A2的战友，曾经一起参加过珍珠港降下作战，但抵抗组织的过滤器也是和帕斯卡尔交换来的，A2也只能再去找帕斯卡尔。
来到帕斯卡尔的村落，A2没想到竟然有如此之多的友善机械生命体。在找齐了的材料后，帕斯卡尔很快帮A2制作了过滤器。为了报答帕斯卡尔，A2去向银莲借帕斯卡尔喜欢看的哲学书籍。
A2走后，帕斯卡尔读起了尼采的著作，然后督促村中的孩子们学习，就在这时村中发生了异响。当A2再回到村子时发现机械生命体们竟发狂，开始互相吞噬。A2清扫完村子，发现已经没有幸存者了。好在帕斯卡尔已经带着孩子们逃到了废弃工厂中，废弃工厂原本应该很安全，但现在又有大量机械生命体向这里涌来，为了保护孩子们，A2击退了一波又一波的机械生命体，帕斯卡尔也决定诉诸武力。在击破了战车型机械生命体后，A2已经精疲力竭，但又有大量战车涌来。此时，帕斯卡尔连接上了工厂内的恩格斯，一举将大量敌人消灭。最后敌人也派出了恩格斯，但还是不敌帕斯卡尔。击退了敌人，帕斯卡尔和A2立刻查看孩子们的情况，却发现孩子们都已贯破自己的核心，选择了自杀。帕斯卡尔知道正是由于自己教会了孩子们各种知识、各种情感，其中也包含了“恐惧”，孩子们最终被恐惧所压垮，才选择了自杀。失去了村民、失去了寄托未来期望的孩子们，如今帕斯卡尔只有一个愿望，那就是让A2删除他的记忆，或者干脆杀了他……
（不知道过了多久，在昔日帕斯卡尔的村子里，只有一个和过去帕斯卡尔一模一样的机械生命体，它捡拾着机械生命体的残骸，并把它们当做垃圾贱卖……）
另一边，同样经过两周，9S被双子仿生人迪波尔和波波尔救回抵抗组织营地，醒了过来。过去迪波尔和波波尔型仿生人犯过重大过失，现在只剩她们两个了，为此她们自愿赎罪，无条件地帮助他人。在感谢过迪波尔和波波尔后，9S走出营地，看见了白色的高塔。塔内传出的声音告诉9S，想要进入塔，就必须先解锁三个副塔，而解锁副塔又需要从三个资源回收单元中获得认证秘钥。于是9S根据塔中的声音来到了森林中的资源回收单元“肉之箱”。9S一路毫不留情地消灭机械生命体，并在塔顶击破了塔的核心获得了第一个秘钥。
POD153检测出2B死后，9S的精神状态越来越差，但9S顾不得休息又去往了水没都市的资源回收单元“魂之箱”，这个塔没有敌人，但需要9S骇入破解。而敌人则在这个过程中故意向9S透露各种情报：白色的高塔似乎是机械生命体向月球发射炮弹的炮台；YoRHa仿生人的黑匣子实际上和机械生命体的核心是同一种东西。在塔顶，敌人骇入了9S的记忆中，这里尽是他和2B共同战斗的记忆，为了守护珍贵的记忆，9S疯狂地刺向2B模样的敌人，也刺破了塔的核心。
9S得到了第二个认证秘钥，但精神和机体状态已到达危险边缘，在迪波尔短暂修理之后，又前往了游乐园的资源回收系统“神之箱”。而A2也听到了塔内的声音，前往了游乐园。在塔顶等待9S的却是被逻辑病毒感染的21O。21O是9S的联络员，一直把9S当做弟弟对待，在之前的降下作战时切换成了B型参与了战斗。就在9S对21O稍加犹豫之时，赶来的A2直接将21O消灭。9S立刻想要杀死A2复仇，但却随着塔的崩塌掉了下去。而A2则对上了一个带着一群名为弗雷德里希的“弟弟”的机械生命体奥古斯特。
A2消灭敌人后，POD042和POD153开启了秘密通话，POD042发现它们已对支援的对象2B、9S、A2有了过剩的保护意识。正如同被人类创造的仿生人不可避免地受人类影响，被仿生人所创造的他们也将不可避免地产生自我意志。尽管POD153并不认同，但她还是和POD042互道了一声珍重。
9S没有大碍，现在他已经集齐了三个秘钥，他马上来到塔前解锁了三个副塔，但塔也派出大量机械生命体阻挠9S。这时迪波尔和波波尔出现帮9S挡下了大量敌人，让9S能够专心骇入塔的大门。但9S发现大门有着闭锁的防御系统，唯有自爆的能量能一时解除。9S几近绝望，但波波尔却为9S打开了大门，迪波尔将9S推入了门中……
迪波尔·波波尔型仿生人是人类创造出来用于监管格式塔计划的仿生人。但由于某些地区的迪波尔·波波尔型仿生人监管不力，最终导致格式塔计划失败，人类最终灭亡。迪波尔·波波尔型仿生人最终被停用，只留下最后的一对，将愧疚和赎罪写入了她们的程序中。尽管这一对并没有失职，但同类的失败也让她们遭到唾弃，只能相依为命，到处流浪，最后流落到了抵抗组织营地。（迪波尔·波波尔型仿生人也是前作的重要角色。）
塔内也是一片白色的建筑物，在一件房间中，9S遇到了大量2B的复制体，他决定把她们全都杀光。但在消灭最后一个2B时被卷入了爆炸中……
A2也检测到了塔的开启，在塔的门口，迪波尔和波波尔互相依靠着缓缓睡去。A2深入塔内发现机械生命体模仿过去的人们修建了一座图书馆。机械生命体在这里保存着各种信息：亚当和夏娃的信息，动植物的信息；也入侵到了月球得到了人类的相关信息；还留有21世纪一个名为尤娜的少女的诊断报告（前作人物）。就在A2要阅读YoRHa部队2号仿生人相关信息时，大型多足机械生命体孔子闯了进来……
9S被爆炸炸断了左臂，他扯下2B复制体的左臂接到了自己身上，继续前进终于见到了在塔内发出声音的两个红衣少女。红衣少女是机械生命体网络衍生出来的概念人格，他们把YoRHa计划的全貌揭示给了9S。原来YoRHa部队也是谎言的一部分，创立之初就注定被机械生命体全灭从而掩盖整个计划，因此才采用了和其他仿生人不同的内核以避免道德问题。9S和2B的存在都是毫无意义的，如今9S唯一能做的就是战斗和复仇，他夺取了YoRHa部队的飞行单位，一路向塔顶飞去。
另一边A2一度击退孔子后继续深入，在下一个房间中遭到了红衣少女的强制骇入。A2不断地消灭红衣少女，可他们不仅是不灭的，而且越来越强。这时POD042提议不要消灭他们，任由他们演算进化。人类遗留下来的仿生人想要成为人类，外星人遗留下了的机械生命体也想要成为人类。当空间中红衣少女的饱和率到达100%时，身为概念人格的红衣少女内部竟然像人类一样产生了分歧，一派认为应该保留A2，容留敌人的存在以促使自身的进化。另一派则认为不能放任A2，消灭敌人也是机械生命体的原初指令。最后斗争的两派被A2坐收渔翁之利。
虽然成功防御住了红衣少女的骇入，但A2脚下的平台开始向塔顶移动，而孔子也再度追了上来。而另一边上升过程中的9S也遭遇了大型多足机械生命体老子。最后受损的老子和孔子在塔顶合体，而9S和A2也再度相遇。在两人的夹击之下，孔子·老子很快就被消灭。但9S已经绝望，他只求和A2直接拼个你死我活。这时A2说出了2B身份的真相：2B的真实身份是2E，2号处刑型。原本A2他们这些旧式YoRHa仿生人是实验用的弃子，但作为2号的A2却能在自杀式任务中幸存。于是为了防止高性能的9S得知YoRHa计划的真相，特意让新型的2号执行处刑任务，每当9S要得知YoRHa计划的真相时就将他杀死。在9S这次与2B的“初遇”之前，2E就曾多次痛苦地杀死9S。9S其实也隐隐约约意识到了这些，但他还是要与A2战斗，A2也看出9S已经有了被逻辑病毒感染的迹象。
（在这里，玩家需要选择操控9S还是A2，不同的选项进入不同的结局）
（选择操控A2）战斗中A2看准机会切下了9S的左臂将其压制，并让POD042骇入9S内部。A2不顾POD042的反对，坚持要修复9S。在把9S托付给了POD042后，A2又进入了塔的系统中将塔摧毁。而A2自己，也随着塔一同倒塌，最后她终于发现了自己所处的世界是多么美丽，也终于能够去见伙伴们了。（达成C结局）
（选择操控9S）交战中A2的耳畔响起了2B把9S托付给她的声音，就在这一瞬间的犹豫中，9S将刀刺入了A2的体内，但A2也用最后的力气贯穿了9S。弥留之际9S的各种记忆再度浮现，自己启动时的记忆，与2B邂逅的记忆……随后记忆也慢慢受损、远去。这时9S仿佛看见了红衣少女，这座塔原本是攻击月球的炮塔，但现在见证了一系列战斗的红衣少女将塔改造成了承载机械生命体和仿生人数据的方舟的发射塔。亚当和夏娃也在方舟上，夏娃正在休息而亚当则轻轻拥抱着他。“要一起去吗？”亚当问向9S。9S的意识慢慢远去，慢慢地已经无法想起自己是谁，但他最后还是给出了自己的答案。（这里选择一起去，9S会说我们YoRHa不配留在这个世界上。选择不去，9S会说我们YoRHa没有资格去往新世界。都不影响结局。）最后，在地球上一切生命的见证下，方舟向无尽的宇宙驶去。（达成D结局）
2B的刀和9S的腰包留在了森林中。
（以C结局或D结局其中一个通关三周目，通过通关后的选关模式进入最后一关，选择操控另一个角色进入另一个结局，在STAFF列表时会发生剧情）现在所有YoRHa仿生人的黑匣子都已停止，POD153也按照YoRHa计划准备将他们的资料全部删除，但此时串流却出现了噪音，原因是2B、9S、A2的个人数据溢出。但POD042却拒绝删除他们的数据，他不能接受他们的结局，他知道POD153也希望他们能够活下来。
（达成E结局。这时玩家会进入类似于骇入的弹幕射击游戏，STAFF列表中的名字会变成防御系统发射弹幕，需要玩家击破STAFF列表。弹幕的密度会逐渐增加，玩家不可避免要失败。失败后会问玩家是否要放弃，是否世界是无意义的，选否之后继续游戏。几次失败后会看到其他玩家留下的加油语句。再经历几次失败后会显示有玩家来支援。选择接受玩家支援后，会有六个僚机和玩家一起发射子弹，玩家受到伤害时僚机会帮玩家阻挡，僚机被击坠会显示某某玩家的数据遗失，然后又有新的僚机补充。）
所有的存在都是为了被毁灭而设计出来，这生死的轮回中，挣扎着逃出这诅咒即是生命的意义。
POD们回收了2B和9S的数据和残骸，而A2也在一旁的窗边沉睡。虽然不知道未来又会走向怎么样的结局，但POD042和POD153相信未来并非是谁给予的，而是亲手去争取的。
（这时POD153会问玩家有没有话想对后来的《尼尔：机械纪元》玩家说的。之后POD042会问玩家，是否愿意以删除存档为代价化为僚机帮助后来的玩家，几次确认之后，会一步步删除玩家所收集到的任务、道具、武器、技能、档案、钓上来的鱼以及三个存档位。）
（最后POD042和POD153会对玩家表示感谢，而标题画面会从月之泪花海变成2B的刀和9S的包。）
最后我想说，时间有限不能给大家截图，水平有限不能用更精确的文字描述，再加上《尼尔：机械纪元》又是一部音乐也非常优秀的作品，我在这里无法呈现很多剧情内容。还请大家有兴趣的话尽可能多得了解和体验这款精彩的游戏。
