洪武25年后

洪武二十五年（1392年）太子朱标为迁都之事视察完陕西返回后，因风寒病逝，享年37岁。朱元璋晚年丧子，悲痛欲绝。同年，朱元璋立朱标次子朱允炆为皇太孙，当时朱允炆才15岁。

洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。三天后，朱元璋将蓝玉处死，尔后是大规模的清洗和株连。

蓝玉下狱后，狱词称同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反。受此案株连被株连的人，仅列入《逆臣录》的就有两万五千人。

“胡蓝之狱”后，明太祖意尚未足，过了年余，颍国公傅友德，奏请给怀远田千亩，非但不准，反将他赐死。定远侯王弼，又奉诏赐死。宋国公冯胜亦被赐死。

经过几次党狱，明初的功臣大量被杀，间接导致了明太祖死后靖难之役中朝廷无可派之将。

洪武三十一年，朱元璋驾崩，死前密命驸马梅殷（宁国公主之夫）辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。