免疫浸润分析根本不需要代码！有了这个神器直接开干

为了免疫浸润分析掏心掏肺的小编又来啦~~快来看看这次小编又给大家带来了什么好工具。文末有目前最常规使用的免疫浸润分析相关的工具和数据库的使用方式，有需要的快去获取吧！

     TIMER 2.0数据库（http://timer.comp-genomics.org/）的开发者来自哈佛大学和四川大学，数据库相关文章（PMID: 32442275）于2020年7月发表在Nucleic Acids Research杂志（2019IF=11.501）上。

TIMER 2.0提供了免疫（Immune Association）、探索（Cancer Exploration）和评估（Immune Estimation）三个模块用于调查免疫浸润与遗传或临床特征之间的关联，以及四个模块用于探索TCGA队列中与癌症相关的关联。每个模块可以生成一个功能性热图表，使用户可以轻松地同时识别多种癌症类型的重要关联。今天小编和大家一起学习一下TIMER2.0的使用。

一、免疫相关性

免疫相关性分为三个模块，基因、突变、sCNA和结果，我们以A1CF为例介绍这几个模块。

首先数据库会给一个热图来反应不同的免疫浸润评价情况在不同的癌症当的相关性。

如果对于某一个结果感兴趣，可以点击其中某一个结果，那么就会绘制具体的结果图形。对于基因表达就是散点图了，对于突变和拷贝数则是小提琴图了。

其他都比较类似，就不再展示了，下面我们看一下肿瘤探索部分。

二、肿瘤探索

依然已A1CF为例：

首先是一张经典的箱线图，延续了上一版本的风格：

Cox回归分析：

三、免疫估计

这个数据库除了可以分析TCGA的现有数据之外，也是可以对自己的数据集进行免疫浸润分析的。刚才也提到过，一些关于免疫浸润的算法都是需要代码运行的，因此会需要一定的门槛，所以这个数据库提供了目前的所有算法的评估结果，可以随意下载自己想要算法的结果。

值得注意的是，上传的数据是TPM归一化的数据库。感兴趣的小伙伴可以自己摸索哦。小编这次就为大家介绍到这里啦。

    想要进一步学习代码使用的小伙伴们可以关注我们的gongzhu号eryunjian2014，包含了目前最常规使用的免疫浸润分析相关的工具和数据库，包括Cibersort，ESTIMATE，ssGSEA等，所有代码、使用、操作一次性学会。让门槛不再是门槛！