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java -jar $GATK \     -T HaplotypeCaller \     -R $DB/hg19.fa \     -I dedup_sample1.bam \       -L targets.interval_list \ #使用exome数据时，可用该参数指定文件（exome targets）；也可以直接指定某染色体，如chr22     --genotyping_mode DISCOVERY \ #默认参数；GENOTYPE_GIVEN_ALLELES，仅使用给定文件中的allele     -stand_call_conf 30 \ #minimum confidence threshold (phred-scaled) at which the program should emit variant sites as called; 低于该值则标记为“LowQual"     -ERC GVCF \     -o sample1.raw_variants.g.vcf