检测SNV: calling, consolidate, filter(VQSR/hard filter)

Note: 2013以前HaplotypeCaller还没完全开发好，用UnifiedGenotyper较多；目前作者推荐使用HaplotypeCaller，在indel检测上更准确。

Call variants per-sample with HaplotypeCaller (in GVCF mode)

java -jar $GATK \