文献晶体数据改进示例4(降低残余峰)

案例来源：Chem. Commun. 2022, 58, 9682–9685.

DOI：10.1039/d2cc03511a

CCDC：2179439

 

图形用户界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）

精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）

CIF文件下载：CCDC[3]官网

 

根据CCDC号从CCDC官网下到2179439.cif文件，用Olex2打开查看，如图1所示，最大残余电子密度峰Q1（Max Peak = 0.6）在异丙基附近，其边上还有一个Q6，这两个Q峰和异丙基的次甲基碳形成异丙基的第二无序组分，如图1中黄色折线所示，并且SHELXL程序亦提示该异丙基中的C49可能存在无序（The following atom(s) may be split C49），另外从椭球形态来看，该苯环上的另一个异丙基（C44, C45, C46）可能也存在无序。另外ins中可见大量OMIT指令从精修中剔除了很多衍射点。

 

将ins中的OMIT指令删除后，精修至收敛，再从Info>>Bad Reflections中查看，发现|error/esd|>10的离群点有6个，如图2所示，而非图1中ins里OMIT指令剔除的几十个。

 

随后对前述两个异丙基做无序拆分处理，并用SAME指令对其键长键角进行限制，SIMU指令对其各向异性位移参数（温度因子）进行限制，再用OMIT指令从精修中剔除离群点，最终结果如图3所示。

 

数据改进前后各项指标对比如下表所示，各项指标均有不同程度的改善。

 

 

视频操作演示请参阅：https://www.bilibili.com/video/BV1CH4y1Z79x

 

结语

有无序存在，就对无序进行合理建模处理，在最终阶段再进行离群点剔除，这样也许能够得到更佳的参数指标。

 

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.