BioSciTools修复Bug和更新代谢组学程序

• 1.Update Description

• 2.Bugs and Features

• 3.Genomics Apps

• 4.Metabolomics Apps

1.Update Description

BioSciTool v1.3.4
Website: https://bioscitools.github.io
Github: https://github.com/bioscitools/bioscitools.github.io

亲爱的BioSciTools用户:
BioSciTools在此次更新解决几个主要问题及新增基因组与代谢组的程序后即将暂停更新一段时间，此次更新内容包括：

1.Bug:解决部分用户由于中文用户名导致的分析进程中断及任务失败，此次更新将适合于大多数Windows电脑环境；
2.Feature:为所有程序在表格窗口下方添加OpenExample按钮，方便用户找到程序示例数据，并根据示例数据准备适合程序的数据结构；
3.Genomics基因组分类中新增3个基因组基因密度、两个/三个基因组共线性分析的程序，包括GenomeDensity, DiGenomeSynteny, TriGenomeSynteny;
4.Metabolomics代谢组分类中新增8个代谢组学原始基于LC-MS质谱数据mzML分析的程序，包括MetaboMzML, MetaboMzHeatmap, MetaboROI, MetaboBasePeakIon, MetaboTotalIonChrom, MetaboPeakIntensity, MetaboPeakRT, MetaboPeakAnno;
详细更新内容如下：

2.Bugs and Features

2.1 Bug 1
修复Windows用户中文用户名(C:\Users\中文用户名\)导致程序无法进行分析的问题！

2.2 Bug 2
修复WGCNA程序由于缺少GO.db数据库导致无法分析完成的问题！

2.3 Feature 1
修复所有程序输入文件标题的文件结构错误说明，比如需要输入基因表达矩阵、序列Fasta格式、压缩格式.tar.gz, .gz, .zip，单细胞CellRanger Matrix，单细胞Visium HDF5， 代谢组学质谱mzML格式等。

2.4 Feature 2
为所有程序的表格数据窗口下方添加OpenExample按钮，方便用户打开查看每个程序的示例数据，并根据示例数据准备适合程序分析的数据结构。

3.Genomics Apps

3.1 GenomeDensity
分析基因组中染色体的大小及基因分布的密度，并可以根据提供的中心粒位置可视化染色体。

3.2 DiGenomeSynteny
根据两个基因组共线性分析的结果，绘制共线性基因的纽带。

3.3 TriGenomeSynteny
根据三个基因组共线性分析的结果，以三元图绘制共线性基因的纽带。

4.Metabolomics Apps

4.1 MetaboMzML
分析单个mzML质谱数据，可视化质谱数据中M/Z质荷比和RetentionTime保留时间及Intensity强度的关系三维图。

4.2 MetaboMzHeatmap
分析单个mzML质谱数据，可视化质谱数据中M/Z质荷比和RetentionTime保留时间，以热图的形式展示。

4.3 MetaboROI
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。

4.4 MetaboBasePeakIon
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。3.设置Peak参数包括质谱平台、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法进行参数优化。4.读取用于Peak鉴定的样本质谱数据，初步查看所有样本的BPI（Base Peak Ions）并可视化。

4.5 MetaboTotalIonChrom
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。3.设置Peak参数包括质谱平台、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法进行参数优化。4.读取用于Peak鉴定的样本质谱数据，初步查看所有样本的BPI（Base Peak Ions）和TIC（Total Ion Chrom）并可视化。

4.6 MetaboPeakIntensity
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。3.设置Peak参数包括质谱平台、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法进行参数优化。4.读取用于Peak鉴定的样本质谱数据，初步查看所有样本的BPI（Base Peak Ions）并可视化。5.基于上述Peak初始参数获得最优参数，进行Peak查找及其Intensity强度可视化。

4.7 MetaboPeakRT
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。3.设置Peak参数包括质谱平台、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法进行参数优化。4.读取用于Peak鉴定的样本质谱数据，初步查看所有样本的BPI（Base Peak Ions）并可视化。5.基于上述Peak初始参数获得最优参数，进行Peak查找及其Intensity强度可视化。6.基于Peak鉴定结果对Retention Time进行矫正和差异分析，绘制RT_Adjustment - RT_Difference相关性结果。

4.8 MetaboPeakAnno
1.根据用户提供的包含mzML的zip压缩格式文件的QCs和Samples文件夹路径及包含样本分组信息的sample-group.txt文件。2.首先对QCs数据进行ROI提取和QC结果过滤，获得过滤后的RetentionTime-Intensity可视化结果。3.设置Peak参数包括质谱平台、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法进行参数优化。4.读取用于Peak鉴定的样本质谱数据，初步查看所有样本的BPI（Base Peak Ions）并可视化。5.基于上述Peak初始参数获得最优参数，进行Peak查找及其Intensity强度可视化。6.基于Peak鉴定结果对Retention Time进行矫正和差异分析，绘制RT_Adjustment - RT_Difference相关性结果。7.对Peak进行注释，默认选择Negtive IonPolarity，并导出Peak Annotation表格和Peak Intensity表格，最后进行PCA可视化样本之间的关系。

祝科研者身体健康、科研顺利！感谢使用和引用，我们下次再见！