下载安装

10X官网可以有很详细的下载和安装顺序。需要注意几点 

• 需要下载参考序列和cellranger软件。建议分别下载在不同的文件夹，software、reference

• 版本问题  10X更新较快，同一批数据建议使用相同的版本运行。

• 添加环境变量，以便在全局使用

运行

一般拿到数据都是fastq了。思路是：

建立rawdata文件夹，

上传数据，检查md5，

创建新的project，

在project中创建数据的软连接，

对fastq文件改名，以符合cellragner的运行格式，

写一个bash文件，方便不同数据的运行，

输出log文件，方便后期查看运行情况，

transcriptome=/home/wangjs/reference/10X/rna/refdata-gex-GRCh38-2020-A

fastqs=/home/wangjs/data/cellranger_out/zhangyi/pd1/data

#cellranger count --id hdq_pbmc_befpd1 --transcriptome $transcriptome --fastqs $fastqs --sample ZY201014 --chemistry SC3Pv3 --localmem 100 --localcores 30

fastqs为软链接文件夹，transcriptome为参考序列，--id为样本名，这个在样本信息表格中保存好，方便后期查对，所有输出文件都在这个文件中。--chemistry SC3Pv3 可以不用，cellrargner会截取数据自行判断。内存和线程根据自己服务器的情况来进行定义。