oebiotech云平台表达量计算详细教程

F1表示mapping到该基因的fragments总数

L1表示该基因长度

FT表示mapping到参考基因组的总fragments数

RPKM：Reads Per Kilobase Million或者Reads Per Kilobase Per Million Reads，即每一百万条Reads中，比对到该基因1000个base的Reads数。

R1 表示mapping到该基因的reads总数

L1表示该基因长度

RT表示mapping到基因组的总reads数

FPKM意义与RPKM的区别仅在于，Fragment 与 Read。

RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。

Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段，在SE中，一个Fragments只测一条Reads，所以，Reads数与Fragments数目相等；在PE中，一个Fragments测两端，会得到2条Reads，但由于后期质量或比对的过滤，有可能一个Fragments的2条Reads最后只有一条进入最后的表达量分析。总之，对某一对Reads而言，这2条Reads只能算一个Fragments，所以，Fragment的最终数目是Reads的1到2倍之间。

TPM：Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的Transcripts)。

R1表示mapping到该基因的Transcripts总数

L1表示该基因长度

Rtotal表示矫正后的所有基因的counts总和。

计算TPM分为3步：
step1：根据基因/转录本长度校正count值；假设某基因count值为R1，则校正后count值为：R1/(L1/1000)，L1为该基因的长度；
step2：计算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值总和，Rtotal；
step3：根据公式计算TPM；

欧易云平台-表达量计算

2.1 表达量计算小工具用于将转录组的counts数据转换成FPKM或者TPM标准化的数据。

参考右侧的使用说明，正确整理数据格式即可实现数据转换。

注：表头含义，第一列列名为id，第2-n列为样本名称，没有的填写为0，这里不允许不填，不填写会报错。

2.2页面参数选择

将整理完的表格，上传至表达量矩阵表位置

进行转换之前要先选择物种，选择的物种要与研究的目标物种一致，不同物种所选择的基因的长度是不一样的，这里要特别注意，如果选错物种则计算出的结果是错的。

2.3 标准化方法的选择：

主要有两种方法FPKM和TPM，适用于当前欧易转录组报告数据标准化方法。

2.4 结果展示：

点击结果下载，自动下载标准化后的数据。

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