10x Genomics重大升级，空间转录组或将迎来发文爆发期

2021-06-08 16:46 作者:上海欧易生物 0人读过 | 我要投稿

前言

2019年底，10x Genomics推出Visium空间解决方案，受到广大科研人员的关注。欧易生物率先推出空间转录组业务，为国内各大高校、医院和研究所的老师提供从实验到分析，完善的空间组学服务，至今已完成近千例空间转录组样本。

可惜的是，10x Genomics已发布的Visium FF (Fresh Frozen)解决方案具有很多限制，只能处理新鲜冻存样本。但对于临床研究来说，福尔马林固定和石蜡包埋（FFPE）组织是疾病机制的回顾性研究中使用最为广泛的标本。这一点从10x Visium发文数量上可见一斑——虽然去年空间转录组学被评为年度技术，但是10x Visium 技术在2020年发文数量仅17篇。

最近，10x Genomics空间转录组全新升级——全新的Visium FFPE空间基因表达解决方案，可以突破过去从FFPE组织中获取空间全转录组基因表达信息的障碍，提供无偏性的基因表达检测，允许更深入的了解来推动相关研究，包括生物标志物的发现，进行回顾性和纵向研究，以及正常和病变组织的比较。通过优化的空间FFPE全转录组方案，科研人员能够从FFPE样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的表达，在形态学背景下实现真正的探索发现。

福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)是保存组织最常见的方法，但这种处理过程会损害RNA，使转录组水平的研究复杂化。10x Visium FFPE空间解决方案采用RNA模板连接(RNA-templated ligation, RTL)机制，针对特定基因，设计成对探针与其靶标杂交，然后彼此连接。组织被渗透后，释放连接的探针对，结合捕获载玻片上的探针，以此捕获基因表达信息。目前，10x Visium可以支持对人类和小鼠FFPE样本中超过18,000个基因的RNA表达进行空间分析，并在整个组织切片上具有高分辨率。

10x Visium FFPE组织的可视化空间基因表达具有高敏感性、特异性和可重复性。使用Visium Spatial Gene Expression分别对FFPE和FF(Fresh Frozen)小鼠脑组织进行全转录组分析结果显示， Visium FFPE数据与Visium FF(Fresh Frozen)数据具有高度相关性，显示了两种方法之间的可比性和高灵敏度(如下图A)。Hpca 空间mRNA表达数据显示，在新鲜冷冻和FFPE样品的海马中均有该基因表达，与已知的表达模式一致，表明了Visium对FFPE的特异性(如下图B)。对小鼠大脑FFPE样本中连续切片，用Visium FFPE处理后，在聚类和UMIs检测中显示出高重现性(如下图C)。