第一部分：潜入计划

特遣队乘坐列车试图追赶逃跑的人们的列车，但最终跟丢了。幸存者们在数据中心放下了加纳利和3606，随后乘坐列车准备为两人吸引火力。

加纳利和3606兵分两路，准备潜入核心机房盗取相关的关键数据资料。然而雅各布早有准备，并组织无鬼睑进入数据中心内部的预设阵地阻止两人接近机房。

加纳利第一个被发现，只好边躲避边调查如何才能击败雅各布。随后他发现了数据中心深处一份陈旧的有关神秘研究设施科学家雅尼·克兰迪·安森（Yani Clande Ansenn）的笔记，得知雅各布所拥有的避开伤害的超能力需要一种药物维持。

第二部分：抢夺数据

此时3606同样被发现，并和无鬼睑爆发了正面冲突，然而无鬼睑的防线在3606面前没有任何作用，很快3606就突破了防线并接近了机房。雅各布虽然非常吃惊，但还是决心放两人进入机房，然后自己亲自阻拦。

趁着雅各布忙于应付3606的时候，加纳利利用自己基地安全部干员身份，操作数据中心安全系统偷偷掉包了雅各布存放的抑制药，并前往机房和3606会合。

两人进入机房并拷贝数据的时候，雅各布出现并试图消灭他们，可随后他发现了自己的药物已经无效的事情，不得不撤退。他留下了已经变异成为怪物的特雷尔阻拦两人，自己跑到直升机降落地点准备拿抑制药。

加纳利意识到此时正是消灭雅各布的最佳时机，于是让3606前去追赶雅各布，自己留下来对付怪物特雷尔。而雅各布在前往地面的过程中，突然得知自己的手下被特遣队攻击。愤怒的他质问特遣队指挥官希罗，却得到了要求交出所有基地资料的威胁。

而此时希罗为了满足地下社会组织“夜门帮”的要求，无所不用其极地想办法夺取波索维纳基地的一切。趁无鬼睑混乱之际，抢夺基地的研发生产数据的数据核心只是其中一步。与此同时，希罗还派出了手下列扬·卡特（Lejean Carter）进攻被无鬼睑保护的财阀联合会，活捉了首席执行官阿贝莱奇纳。

第三部分：正面冲突

雅各布无法接受希罗借助他们的力量掌控特遣队后趁火打劫的事实，在携带抑制药的直升机被希罗击落后，他释放了一直压制着的力量，成为巨大的怪物。然而他依然败给了赶来的3606。

雅各布被击败后，加纳利赶到停机坪，并将夺得的数据资料交给了3606，而为了帮助3606逃离特遣队在数据中心正门的封锁，加纳利自己回到数据中心内，启动安全防卫系统打乱了特遣队的部署。

正当携带数据资料的3606逃脱数据中心时，特遣队的武装直升机赶来将吊桥打断，3606坠入谷底。而加纳利也未能逃脱，被冲进数据中心的士兵们抓住。

可是希罗虽然攻占了基地数据中心，却面临着所有数据都被加密的尴尬局面。他当面审问加纳利，没有得到任何有用的情报。直到阿贝莱奇纳说出他曾和扶风将军的线人瓦妮娅一同行动过的事实。希罗得知加纳利是从瓦妮娅那里得来的资料加密方法，于是打算将加纳利送走处决，自己派人直接去抓瓦妮娅。

然而此时瓦妮娅和克劳德的列车已经被无鬼睑俘获。面临特遣队的围追堵截，无鬼睑此时也悉数逃进V区。希罗决定先铲除外围的基地据点，将所有知情人全部消灭，彻底掌控局势后再攻击陌生的V区。

第四部分：V区与λ（Lambda）计划

3606在谷底进入了一片严禁入内的研究设施，里面充斥着各种各样在外界公认的不被允许的实验。这些实验包括了异世界异形、材料、能源的研究，异形人体实验改造计划以及前往异世界采矿的传送门等，它们被统称为λ计划，是财阀联合会掌权后开始进行的项目。

同时，被特遣队击溃的无鬼睑也纷纷逃进这座设施当中。然而，他们在封死所有出入口后，一个人形的怪物出现并开始追杀他们。所有无鬼睑都惊恐地发现自己的武器对这个追杀他们的疯子没有任何作用。被杀死的无鬼睑也纷纷变成了怪物，让剩余的人们陷入了绝望。

3606在V区遇见了自称为政府调查员的弦歌，并在使用短程传送门离开时遇到了危险。而马特已经掌握了短程传送技术，此时在远方通过传送救下了3606。

但是马特的真正目的是3606手中的数据资料，原来他真的是整起事故的始作俑者。马特为了扩大事故造就的传送门，需要更多的关键技术文件，而这一切的动机，都是为了报复肆意妄为的财阀联合会。随后，3606被马特传送了回去，并陷入昏迷。