在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司。命令名下的野座间佩斯顿服务驱除班秘密处理Amazons。

就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去地平稳生活着的青年水泽悠·假面骑士Amazon Omega和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁·假面骑士AmazonAlpha相识，慢慢懂得了在Amazonz的激烈的生存斗争中生存下去的故事。

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。

其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·惟由。对于这样的惟由，他第一次没有产生“想吃”的想法，并被她吸引着。而惟由的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。