大家好！我是BioLadder生物信息在线可视化云平台的工程师小宇，今天我来给大家分享怎样用BioLadder画出常见的富集弦图！

 如果您反馈问题，报告Bug，提出新的需求，请直接在公众号内发留言给我哦！为感谢您对BioLadder的认可我们还有星爸爸同款收纳包相赠哦！小宇先谢谢大家喽！

1.什么是富集弦图？

富集弦图：分别展示出每个Term富集到哪些基因以及这些基因的上下调情况。

左侧为差异基因，颜色变化表示logFC从小到大的变化，红色为上调，蓝色为下调；右侧为富集结果的Term，两者相连表示基因富集到该Term中。

富集弦图一般显示3-10个通路较为合适，太多通路，会导致太过密集，反而看不清。

本文我们就来讨论一下富集弦图是如何绘制的。

2.绘图前的数据准备

需要2个文件

2.1 每个通路对应哪些基因

包含2列数据，第1列为通路名称，第2列为每个通路对应的基因，基因之间用","或", "或"|"分隔开。demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData1.txt下载。

2.2 每个基因对应的logFC（可选）

第一列为基因名称，第二列为logFC。注意基因要和第一个文件对应。demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData2.txt下载。

3. BioLadder生信云平台在线绘制富集弦图

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制富集弦图。网址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/28

3.1 上传文件

点击“选择”按钮上传自己的文件

备注：

点击查看按钮可以查看自己的上传的数据；点击下载示例，可以下载demo数据；

3.2 调整参数

• 基因排序方式：可以选择默认排序，或按照基因的字母排序，或按照logFC的大小排序

• 字体大小：基因名称字体大小

• 图例大小：图例图案及图例字体的大小

• 线条颜色(选择配色方案)：选择一种你喜欢的配色方案

3.3 提交查看

上传完数据，并调好参数后，点击右上方“提交”按钮，图像会出现在左侧。如果没有上传自己的数据，会使用默认的demo数据绘图。

3.4 下载

首先，挑选自己想要的格式有png，jpg和pdf供选择，接着调整图片的宽，高和分辨率（注：这里的宽高比会反馈到左上的绘图区），最后点击“Download”下载按钮，将图片保存到本地。备注：关于分辨率DPI的解释，分辨率（DPI）指的是图像每英寸长度内的像素点数。假如需要长10英寸，宽10英寸的，分辨率300的图片。对应的电脑里的像素就是10*300=3000像素。

4.BioLadder生物信息在线分析可视化云平台

网址：https://www.bioladder.cn/BioLadder目前上线了生物学分析最常用的50多个模块，主要包括以下四类：数据可视化：箱线图，南丁格尔玫瑰图，韦恩图，UpSet图，饼图，词云图，小提琴图，饼图/甜甜圈图，弦图，柱形图等组学数据分析：序列的多重比对，表达数据的CV曲线图，饼图/甜甜圈图，T-SNE，热图，趋势分析的mFuzz，差异分析的火山图，富集分析的气泡图，修饰位点上下游模体分析的seqLogo，Motif热图等功能分析：GO弦图，相互作用网络图，富集分析数据预处理：归一化，补值，FDR校正，长宽表互换等

好了富集弦图的绘制就到这里了，后续大家想要了解什么内容可以给我们评论反馈，我们会根据大家的意见持续更新。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见，使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析首选平台！