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CCDC申请过程中二维结构图参考意义不大

2023-10-10 08:16 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

有小伙伴向笔者提出一个问题:

申请CCDC[1]号过程中,发现Chemical diagram给出的结构图和晶体数据结构不一致该怎么办?

 

对此,笔者表示有点无奈。其实这个问题不难回答,理清逻辑关系就好了。Chemical diagram给出的结构图是哪儿来的呢?很显然,是依据申请者提交的CIF文件给出的。理解了这个逻辑关系后,那就很简单了,其实无需理会Chemical diagram给出的结构图,只要确保CIF所代表的结构没问题就可以了。其实Chemical diagram给出的结构图基本上也就申请者在申请的过程中会看到,还有就是通过CCDC号查结构的时候会看到,但是查结构的人通常是为了下载CIF,并使用相关软件打开CIF来查看CIF数据的三维结构。而CCDC号申请者通常也不会把Chemical diagram给出的结构图当作附图放在自己的论文中,而是自己用软件来绘制合适的、漂亮的结构图来放在论文中。

 

以下举一些例子来说明Chemical diagram给出的结构图确实没有太大的参考意义。

 

1Sci. China Chem. 2023, 66, 117–126. (CCDC: 2152639)

CCDC 2152639结构如1.1所示。

▲图1.1 CCDC 2152639结构



 

论文中该结构二维结构图(4a)如1.2所示

▲图1.2 CCDC 2152639二维结构图



 

Chemical diagram给出的结构图如1.3所示,很显然,该二维结构示意图并无太大参考意义,如果仅看该图,金属Y只有一配位和三配位,这显然不对。

▲图1.3 Chemical diagram给出的CCDC 2152639结构图



 

2Dalton Trans. 2020, 49, 8933–8948. (CCDC: 1936173)

CCDC 1936173结构如2.1所示。

▲图2.1 CCDC 1936173结构



 

Chemical diagram给出的结构图如2.2所示,很显然,该二维结构示意图并无太大参考意义,入如果仅看该图,则对实际结构完全毫无头绪。

▲图2.2 Chemical diagram给出的CCDC 1936173结构图



 

相关视频请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1kD4y1N76V

 

参考文献

[1] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

 


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