CCDC申请过程中二维结构图参考意义不大
有小伙伴向笔者提出一个问题:
申请CCDC[1]号过程中,发现Chemical diagram给出的结构图和晶体数据结构不一致该怎么办?
对此,笔者表示有点无奈。其实这个问题不难回答,理清逻辑关系就好了。Chemical diagram给出的结构图是哪儿来的呢?很显然,是依据申请者提交的CIF文件给出的。理解了这个逻辑关系后,那就很简单了,其实无需理会Chemical diagram给出的结构图,只要确保CIF所代表的结构没问题就可以了。其实Chemical diagram给出的结构图基本上也就申请者在申请的过程中会看到,还有就是通过CCDC号查结构的时候会看到,但是查结构的人通常是为了下载CIF,并使用相关软件打开CIF来查看CIF数据的三维结构。而CCDC号申请者通常也不会把Chemical diagram给出的结构图当作附图放在自己的论文中,而是自己用软件来绘制合适的、漂亮的结构图来放在论文中。
以下举一些例子来说明Chemical diagram给出的结构图确实没有太大的参考意义。
例1:Sci. China Chem. 2023, 66, 117–126. (CCDC: 2152639)
CCDC 2152639结构如图1.1所示。

论文中该结构二维结构图(4a)如图1.2所示

而Chemical diagram给出的结构图如图1.3所示,很显然,该二维结构示意图并无太大参考意义,如果仅看该图,金属Y只有一配位和三配位,这显然不对。

例2:Dalton Trans. 2020, 49, 8933–8948. (CCDC: 1936173)
CCDC 1936173结构如图2.1所示。

而Chemical diagram给出的结构图如图2.2所示,很显然,该二维结构示意图并无太大参考意义,入如果仅看该图,则对实际结构完全毫无头绪。

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参考文献
[1] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.