生物信息学一非生信人如何看懂生信图合集1（1一16）

1.火山图可以用来展示基因表达的总体差异情况，通常使用红色表示上调，绿色表示下调，灰色表示无显著变化。

2.在火山图中，纵坐标p的负对数，显著性是指p值小于0.05，p越小，点位置越高。Y=1.3以上的点p＜0.05，越上越小

3.倍数变化被用来判断基因表达的差异，当基因表达的变化超过两倍时，可以定义为差异表达基因。横坐标的fc表示倍数变化，以≥2来作为标准

1.热图，用于展示基因在不同样本中的表达情况。热图由小色块构成的数值矩阵，每个色块代表一个基因的表达量，颜色越红表达量越高，越蓝表达量越低。tumor指肿瘤样本，normal指正常样本

2.聚类分析，聚类分析可以将表达模式相似的样本归为一类，通过叠加可以形成层级结构，指图中所示顶部白色线条

3热图常常与火山图一起使用，用来展示差异基因的表达情况

富集分析

1.富集分析，不筛选差异基因，预定义基因集A（自己想求证某个信号通路中的所有基因），自己的表达数据B（根据fold change基因表达程度排序），然后进行检验预定义基因集A是否在表达数据集B的顶端或底端富集或随机分布，判断基因集A在表达中的贡献

2.纵坐标ES富集分数，指A在B中的顶部或底部过表达程度，富极分数会随着计算动态变化，并在最大峰值处达到最大值。根据富极分数的正负值可以确定基因的位置，正值表示基因位于排序列表顶部，负值表示基因位于排序列表底部

3.排序列表横坐标是基因的表达量，一般从大到小排列

4.读图，rank文件排在峰值前代表上调，峰值后代表下调，NES是负值代表基因富集在底端，底端小于峰值，故该通路趋势下调。

FDRq越小，假阳性越低，，p值越准确