尔云间生信代码|基于细菌群落功能丰度结果进行差异功能分析及可视化

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在基于16S rRNA扩增子的研究中，因为了解微生物群落功能的需要，我们经常会使用一些软件工具对16S rRNA扩增子数据进行功能预测，比如PICRUSt2。这些功能预测的结果大多是基于KEGG数据库，KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。预测得到的细菌群落功能丰度表，记录了各样本中所包含KO功能的丰度， 基于此预测结果，经过预先设置的筛选阈值，比较了不同组菌群的KEGG pathway，并筛选出不同分组间具有显著性组间差异的 pathway。

使用方法：

Rscript  OTU_pathway.R  -path_file=  -map_file=   -case= -control=  -adj.p=   -logfc= 

参数说明：

USAGE:

OTU_pathway.R -path_file=-map_file=

       -case=-control=-adj.p=-logfc=

PARAMETERS:

-path_file The KEGG pathway abundance table by PICRUSt2, input tsv table format.

-map_file the sample classification labels ,the first column is sample name which is consistent with path_file row in order, the second column is the classification labels with named"group",input txt table format.

-case the name of the case, Default value is Tumor ,string.

-control the name of the control, Default value is Normal ,string.

-adj.p the DEpath threshold padj, Default value 0.05,string.

-logfc the DEpath threshold logFC, Default value 1,string.

操作步骤：

1、打开命令行界面，输入“Rscript  OTU_pathway.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。

2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有6个，分别是-path_file，表示PICRUSt2软件预测得到的细菌群落功能丰度表  map_file；表示样本分类标签，第一列为样本名称，顺序与path_file行名称一致，第二列为分类标签，命名为“group”； -case，病例名称，默认值为Tumor，需与map_file中的分组一致； -control，对照名称，默认值为Normal，需与map_file中的分组一致；  -adj.p差异通路筛选阈值，建议阈值为0.05，可根据需要调整； -logfc差异通路筛选阈值，建议阈值为1，可根据需要调整。

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed" 结束语。

流程图：

结果展示：

1. DEG KO.xls

根据软件设置阈值筛选得到的显著差异KEGG， logFC：差异倍数，logCPM：样本平均的log2丰度值，P.Value：为差异分析p值， FDR：差异分析矫正p值

2. pathway top10.pdf

按照FDR值排序，差异KEGG top10气泡图，横坐标为logFC值，纵坐标为通路名称，颜色从蓝到红，越红越显著，节点大小为logCPM值。

特别说明：本代码经申请软件著作权，仅转让使用权，不转让所有权

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写在文末：

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