FBMN with MS-DIAL 带有 MS-DIAL 的 FBMN

1. Introduction 1. 引言¶

The main documentation for Feature-Based Molecular Networking can be accessed here. See our article.

基于特征的分子网络的主要文档可以在这里访问。

Below we are describing how to use MS-DIAL with the FBMN workflow on GNPS.

下面我们描述如何使用 MS-DIAL 与 GNPS 上的 FBMN 工作流程。

2. Mass spectrometry processing with MS-DIAL 2. 用 MS-DIAL 处理质谱法¶

Download the latest version of MS-DIAL software at http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics_Software/MS-DIAL.

在 http://prime.psc.riken.jp/metabolomics_software/MS-DIAL 下载最新版本的 MS-DIAL 软件。

Citations and development 引用与发展¶

Recommended Citations

推荐引文

This work builds on the efforts and tools from our many colleagues, please cite their work:

这项工作建立在我们许多同事的努力和工具之上，请列举他们的工作:

Nothias, L.-F., Petras, D., Schmid, R. et al. Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment. Nat. Methods 17, 905–908 (2020).

诺西亚斯，l.-f，彼得拉斯，d. ，施密德，r. 等。GNPS 分析环境中基于特征的分子网络。纳特。方法17,905-908(2020)。

Wang, M. et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking. Nat. Biotechnol. 34, 828–837 (2016).

王等。与全球天然产物社会分子网络共享和共同管理质谱法数据。纳特。北京生物科技有限公司。34,828-837(2016).

Tsugawa, H., et al A lipidome atlas in MS-DIAL 4. Nat. Biotechnol. 38, 1159–1163 (2020).

《生物技术》38,1159-1163(2020)。

Tsugawa, H., Cajka, T., Kind, T., Ma, Y., Higgins, B., Ikeda, K., Kanazawa, M., VanderGheynst, J., Fiehn, O. & Arita, M. MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis. Nat. Methods 12, 523-526 (2015).

Tsugawa，h. ，Cajka，t. ，Kind，t. ，M.，y. ，Higgins，b. ，Ikeda，k. ，Kanazawa，m. ，VanderGheynst，j. ，Fiehn，o. & Arita，m. M.-dial: 数据独立的 M./M. 去卷积全面代谢组分析。纳特。方法12,523-526(2015)。

Lai, Z., Tsugawa, H., Wohlgemuth, G., Mehta, S., Mueller, M., Zheng, Y., Ogiwara, A., Meissen, J., Showalter, M., Takeuchi, K., Kind, T., Beal, P., Arita, M. & Fiehn, O. Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics. Nat. Methods 15, 53-56 (2018).

通过整合代谢组数据库和质谱法化学信息学来识别代谢产物。纳特。方法15,53-56(2018)。

Mass Spectrometry Data Processing with MS-DIAL 用 MS-DIAL 进行质谱法数据处理¶

In MS-DIAL, a sequence of steps is performed to process the mass spectrometry data. Here we will present key steps required to process LC-MS/MS data acquired in non-targeted mode (data dependent acquisition). MS- DIAL can process LC-MS/MS data performed in non-targeted mode, but also in MSE and now with Ion Mobility Spectrometry. For convenience we also provide a batch file (XML format) that can be imported directly in MS-DIAL.

在 MS-DIAL 中，执行一系列步骤来处理质谱法数据。在这里，我们将介绍处理 LC-MS/MS 数据所需的关键步骤，这些数据是以非靶向模式(数据依赖性采集)获得的。MS-DIAL 可以处理非靶向模式下的 lc-MS/MS 数据，也可以处理 MSE 模式下的数据，目前使用的是离子迁移谱仪。为了方便起见，我们还提供了一个批处理文件(XML 格式) ，可以直接在 MS-DIAL 中导入。

IMPORTANT: MS-DIAL parameters will vary depending on the mass spectrometer, the acquisition parameters, and the samples studied. In this page we present a basic guideline for using MS-DIAL with the FBMN on GNPS.

重要提示: MS-DIAL 参数取决于质谱仪、获取参数和研究的样品。在这一页中，我们提出了一个基本的指导方针，使用 MS-DIAL 与光纤光栅锰在 GNPS。

Documentation 文件¶

Please consult these resources for more details on MS-DIAL processing:

有关 MS-DIAL 处理的更多细节，请参考以下资源:

• See the 参见MS-DIAL documentation on LC-MS/MS data processingLC-MS/MS 数据处理的 MS-DIAL 文件

• See the 参见MS-DIAL documentation for MSE data processing用于 MSE 数据处理的 MS-DIAL 文档

• See the 参见MS-DIAL documentation on Ion Mobility Spectrometry data processing关于离子迁移谱数据处理的 MS-DIAL 文件

Video Presentation and Tutorials 视频演示和教程¶

• The presentation/tutorial 演示文稿/教程about MS-DIAL关于 MS-DIAL from the Leibniz Institute of Plant Biochemistry. 来自莱布尼茨植物生物化学研究所

• This video 这个视频from the WCMC about MS-DIAL来自 cmc 关于 MS-DIAL

• The video tutorial about 这个视频教程是关于MS-DIAL processing for FBMN on GNPS基于 GNPS 的 FBMN 的 MS-DIAL 处理.

Convert your LC-MS/MS Data to Open Format 将 LC-MS/MS 数据转换为 Open 格式¶

MS-DIAL accepts different input formats. Note that we recommend first to convert your files to mzML format before doing MS-DIAL processing. See the documentation here.

MS-DIAL 接受不同的输入格式。注意，我们建议在进行 MS-DIAL 处理之前先将文件转换为 mzML 格式。点击这里查看文档。

MS-DIAL releases later than ver 4.60 supports direct import of SCIEX (.wiff, .wiff2), Thermo (.raw). Agilent (.d), and Waters (.raw), so conversion is not required. See the release note

MS-DIAL 发布时间晚于4.60版本支持直接导入 SCIEX (。威夫。Wiff2)、 Thermo (。未经烹煮)。安捷伦(。丁) ，以及水(。Raw) ，因此不需要转换。请看发布说明

Processing Steps for non-targeted LC-MS/MS 非靶向 LC-MS/MS 的处理步骤¶

Below is a walk-through of all the steps

下面是所有步骤的简介

1. Make a New Project 1. 制定一个新项目¶

Go to Menu: File / New Project

转到菜单: 文件/新建项目

Select appropriate parameters (ionization type / method type / data type / ion mode / target omics) for your dataset. Click “Next”.

为您的数据集选择适当的参数(电离类型/方法类型/数据类型/离子模式/目标组学)。按「下一步」。

FBMN with Waters MSe data

具有 Waters MSe 数据的 FBMN

If you are processing with Waters MSe data, set MS method type to 'SWATH-MS or conventional All-ions method' and use this experiment file.

如果您正在处理 Waters MSe 数据，请将 MS 方法类型设置为“ swath-MS 或传统的全离子方法”，并使用此实验文件。

2. Import Files 2. 导入文件¶

Click “browse” and open the dropdown menu for file types, and select “mzML file(*.mzml)”. The other available options are .abf or .cdf files.

单击“ browse”并打开文件类型的下拉菜单，然后选择“ mzML file (* 。“ mzml)”。其他可用的选择包括。或者。Cdf 文件。

[Note] Data files should be placed at the same folder with the project file.

[注]数据文件应该与项目文件放在同一个文件夹中。

Select files and click “Open”. You will see the list of selected files. Click “Next”.

选择文件并单击“打开”。您将看到所选文件的列表。单击“下一步”。

3. Set Parameters - Data Collection 3. 设定参数-资料收集¶

Set the MS1/MS2 tolerance and data collection parameters.

设置 MS1/ms2公差和数据收集参数。

If you are dealing with a large dataset, you can reduce the running time by setting multithreading option in the “Advanced” menu.

如果要处理大型数据集，可以通过在“高级”菜单中设置多线程选项来减少运行时间。

4. Set Parameters - Peak Detection 4. 设定参数-峰值检测¶

Set the MS1 peak detection parameters. You should set a peak height threshold that is adapted to the mass spectrometer.

设置 ms1峰值检测参数。你应该设置一个适合质谱仪的峰高阈值。

As a rule of thumb, the value should at least correspond to the minimum value set for the triggering of the MS2 scan event.

作为一个经验法则，该值至少应该对应于 ms2扫描事件触发的最小值集。

If you want to remove some specific ions (e.g. known contaminants), you can make an exclusion list here.

如果你想去除某些特定的离子(例如已知的污染物) ，你可以在这里做一个排除列表。

5. Set Parameters - MS2Deconvolution 5. 设置参数-ms2decon卷积¶

You should set an appropriate MS/MS abundance cutoff. Make sure to set an intensity threshold representative of the noise level in MS2 spectra.

你应该设置一个适当的 MS/MS 截止时间。确保设置一个强度阈值代表的噪声水平在 ms2光谱。

This is typically lower than for MS1. If you have any doubt, set it to 0.

这通常比 ms1低。如果你有任何疑问，设置为0。

6. Set Parameters - Alignment 6. 设置参数-调整¶

Set appropriate Retention time / MS1 tolerance for alignment.

设定适当的保留时间/ms1公差以便对齐。

If you have any quality control (QC) sample data, it is a nice candidate to be the reference file.

如果您有任何质量控制(QC)的样品数据，它是一个很好的候选人参考文件。

Click “Finish”, then MS-DIAL will perform all the feature detection and alignment process.

单击“完成”，然后 MS-DIAL 将执行所有的特征提取和对齐过程。

Processing Steps for MSE data MSE 数据的处理步骤¶

• See the MS-DIAL documentation for MSE data processing, and export the files as indicated below. If you encounter any issue, please contact the GNPS team on the forum or GitHub.请参阅用于 MSE 数据处理的 MS-DIAL 文档，并按照下面的指示导出文件。如果您遇到任何问题，请与论坛或 GitHub 上的 GNPS 团队联系。

• Here is an example MSe-based MS-DIAL networking job. MSe .Raw and converted ABF files can be downloaded in here.下面是一个基于 MSe 的 MS-DIAL 网络作业示例。

Ion Mobility Spectrometry data (Experimental) 离子迁移谱数据(实验)¶

• See the 参见MS-DIAL documentation on Ion Mobility Spectrometry data processing, and export the files as indicated below. If you encounter any issue, please contact the GNPS team on the forum论坛 or 或GitHub.

Export the files for GNPS FBMN 导出 gnpsfbmn 的文件¶

To run FBMN after MS-DIAL processing, two files have to be exported:

要在 MS-DIAL 处理后运行 FBMN，必须导出两个文件:

• The feature quantification table (TXT file) containing compound intensity and annotation.特征量化表(TXT 文件)包含复合强度和注释。

• The MS/MS spectral summary (MGF file) containing the list of representative MS/MS spectra (the most intense MS/MS spectrum).MS/MS 光谱摘要(MGF 文件)包含了典型的 MS/MS 光谱(最强的 MS/MS 光谱)列表。

Go to Menu: Export / Alignment result

转到菜单: 导出/对齐结果

Make sure the “GNPS export” box is checked, and set the spectra type to “centroid”.

确保选中了“ GNPS 导出”框，并将光谱类型设置为“重心”。

Set the directory and file name, then click “Export”. As a result, you will acquire a MS/MS spectral summary and the feature quantification table.

设置目录和文件名，然后单击“导出”。因此，您将获得一个 MS/MS 的光谱摘要和特征量化表。

[Note] The GNPS export option of MS-DIAL will create a feature table based on MS1 peak height. If you want a feature table based on peak area, check the “Raw data matrix (Area)”. The resulting file has a different structure from TXT file given by GNPS export, so you should reformat the area matrix file.

See example of files generated by MS-DIAL and used for the FBMN by the export workflow here.

请参阅由 MS-DIAL 生成的文件并通过导出工作流程用于 FBMN 的示例。

3. Running the FBMN with MS-DIAL 3. 使用 MS-DIAL 运行 FBMN¶

After the processing with MS-DIAL, the output files can be used to run the Feature-Based Molecular Networking workflow on GNPS either using the [Superquick FBMN start page] (http://dorresteinappshub.ucsd.edu:5050/featurebasednetworking) or the standard interface of the FBMN workflow (you need to be logged in GNPS first).

See the main documentation for more details about the FBMN workflow on GNPS.

更多关于 GNPS 上 FBMN 工作流的详细信息，请参阅主文档。

Basically, you will need to upload the files produced by MS-DIAL:

基本上，你需要上传 MS-DIAL 生成的文件:

• The 这个feature quantification table特征量化表 (.TXT file) (. TXT 档案)

• The 这个MS/MS spetral summary质谱/质谱分析总结 file (.MGF file) 档案(. MGF 档案)

• (Optional) The metadata table - requirements are described here这里.

IMPORTANT WHEN USING A METADATA TABLE WITH MS-DIAL: "filename" in the metadata files for FBMN with MS-DIAL should not contain file extensions (ex: "sample1.mzML" must be "sample1").

使用 MS-DIAL 使用元数据表时要注意: 使用 MS-DIAL 的 FBMN 元数据文件中的“文件名”不应该包含文件扩展名(例如: “ sample1.mzML”必须是“ sample1”)。

Here is an example MS-DIAL networking job from a subset of the American Gut Project.

下面是来自 American Gut Project 的一个子集的 MS-DIAL 网络作业示例。

Tutorials 教程¶

See our MS-DIAL tutorial on using Feature Based Molecular Networking for the American Gut Project sample.

请参阅我们关于如何使用基于特征的分子网络的 MS-DIAL 教程作为美国肠道项目的示例。