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尔云间生信代码|R语言绘制GWAS曼哈顿图、QQ图

2022-10-21 14:09 作者:尔云间  | 我要投稿


曼哈顿图和QQ图是GWAS分析结果的重要部分,而相对于qqman包,CMplot包绘制的图更加美观些,下面展示的就是CMplot绘制结果

代码也很简单,小云直接放在下面了

library(CMplot)

setwd("D://rstudy/")#设置工作目录

res = read.csv('hnlmmv.assoc.csv', header = T)

CMplot(res, plot.type="m", multracks=TRUE,

      threshold=4.32e-07,threshold.lty=1, #threshold=0.05/N,N为SNP数量

      threshold.lwd=1, threshold.col="black",

      amplify=TRUE,bin.size=1e6,

      chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),

      signal.col="violet",signal.cex=1,

      file="jpg",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE)


CMplot(res, plot.type="q", multracks=TRUE,

      threshold=4.32e-07,threshold.lty=1,

      threshold.lwd=1, threshold.col="black",

      amplify=TRUE,bin.size=1e6

      #chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),

      #signal.col=c("violet", "yellow", "blue"),signal.cex=1,

      ,file="pdf",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE

)

至此结束

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