尔云间生信代码|R语言绘制GWAS曼哈顿图、QQ图

曼哈顿图和QQ图是GWAS分析结果的重要部分,而相对于qqman包,CMplot包绘制的图更加美观些,下面展示的就是CMplot绘制结果


代码也很简单,小云直接放在下面了
library(CMplot)
setwd("D://rstudy/")#设置工作目录
res = read.csv('hnlmmv.assoc.csv', header = T)
CMplot(res, plot.type="m", multracks=TRUE,
threshold=4.32e-07,threshold.lty=1, #threshold=0.05/N,N为SNP数量
threshold.lwd=1, threshold.col="black",
amplify=TRUE,bin.size=1e6,
chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),
signal.col="violet",signal.cex=1,
file="jpg",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE)
CMplot(res, plot.type="q", multracks=TRUE,
threshold=4.32e-07,threshold.lty=1,
threshold.lwd=1, threshold.col="black",
amplify=TRUE,bin.size=1e6
#chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),
#signal.col=c("violet", "yellow", "blue"),signal.cex=1,
,file="pdf",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE
)
至此结束
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