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生信入门书籍推荐系列2

2022-11-26 15:19 作者:生信小院  | 我要投稿


和前一个系列《生信入门书籍推荐系列1》一样,这一系列继续介绍一些笔者读过的书。虽然有些内容已经有些陌生,比如unix环境高级编程,笔者在日常工作中基本上用不到,但是还是写在这里,供大家按需了解吧。最后,还是那句话:虽然不能说一定能够对各位读者有用,但是至少可以帮大家避雷吧!

一 书籍推荐还是和上一篇推文一样,对于一本书的了解而言,作者说第二,那么应该很少有人说第一吧。所以下面每本书的介绍都会包含两个部分,一个是作者在书籍中的导读介绍,另一个则是本人的阅读感受。不过,每个人对于想要从书籍中获得的知识的侧重点不一定一致,对于书籍的评价也各有观点,因此个人推荐环节也仅限个人

图1 Java核心技术

作者导读节选:Java领域最有影响力和价值的著作之一,由拥有20多年教学与研究经验的资深Java技术专家撰写(获Jolt大奖),与《Java编程思想》齐名,10余年全球畅销不衰,广受好评。第10版根据Java SE 8全面更新,同时修正了第9版中的不足,系统全面讲解了Java语言的核 心概念、语法、重要特性和开发方法,包含大量案例,实践性强。。推荐理由:对笔者而言,本书堪称java的入门书籍吧,涵盖了很多使用java的示例。相较于其他语言,Java有一个很好的优点,就是他的跨平台特性,这点允许开发者们可以实现一次开发,多平台运行,如windos、linux和android(移动端有部分差异,读者可自行了解)。笔者开发的小软件 Multi-omics Hammer 软件所用的语言就是java,可以在windows和linux上直接运行。只是,目前java语言的热度有点下降,并且Oracle似乎有意将java商业化(个人观点,并无详细了解过这点,读者可去官网自行查阅)。但是如果商业化的话,大家是否还想要继续了解这门语言,就见仁见智啦。

图2 unix环境高级编程

作者导读节选:《UNIX环境高级编程(第3版)》是被誉为UNIX编程“圣经”的Advanced Programming in the UNIX Environment一书的第3版。在本书第2版出版后的8年中,UNIX行业发生了巨大的变化,特别是影响UNIX编程接口的有关标准变化很大。本书在保持前一版风格的基础上,根据最新的标准对内容进行了修订和增补,反映了最新的技术发展。书中除了介绍UNIX文件和目录、标准I/O库、系统数据文件和信息、进程环境、进程控制、进程关系、信号、线程、线程控制、守护进程、各种I/O、进程间通信、网络IPC、伪终端等方面的内容,还在此基础上介绍了众多应用实例,包括如何创建数据库函数库以及如何与网络打印机通信等。此外,还在附录中给出了函数原型和部分习题的答案。

推荐理由:做大数据开发的人,应该都绕不开unix系统吧,比如,redhat、Fedora、Debian、SUSE等。实际上,这些系统的起源都是unix。通过上述这本书,相信大家会对unix系统有个深度的了解。但是,该书比较偏学术,看起来也会比较累,而且现如今很多unix系统除非是运维人员,大概率不需要了解非常底层的内容。所以,本人的建议是按需了解,或者是按兴趣了解。不过,看完这本书之后的人应该会有个感觉,unix操作系统其实就是一个包罗万象的文件管理系统

图3 算法导论

作者导读节选:在有关算法的书中,有一些叙述非常严谨,但不够全面;另一些涉及了大量的题材,但又缺乏严谨性。本书将严谨性和全面性融为一体,深入讨论各类算法,并着力使这些算法的设计和分析能为各个层次的读者接受。全书各章自成体系,可以作为独立的学习单元;算法以英语和伪代码的形式描述,具备初步程序设计经验的人就能看懂;说明和解释力求浅显易懂,不失深度和数学严谨性。

推荐理由:这本书介绍了许多习以为常的算法,比如说排序、最短路径、深度搜索、广度搜索等。其中大部分算法对于我们来说并不需要重新实现,因为现如今都有许多包已经将这些算法囊括进去了,因此,对于绝大部分的生信开发者而言,可能并不实用吧。但是,如果涉及到底层架构的编程吧,这些算法或许能够起到触类旁通的作用。笔者本人也在是在看完这些算法后,第一次了解到许多我们在计算机上习以为常的便捷其实都是各类经典算法的集成,也都是前人知识积累的结晶。如果部分读者希望在计算机领域继续深入研究的话,个人建议可以了解,不建议对算法进行实现(有包调用不香吗?)。

图4 分子克隆实验指南

作者导读节选:人类和模式生物全基因组序列的获得对各领域生物学家现有的科研方式产生了深远影响。对浩瀚的基因图谱的探索需要开发多种新的实验技术和方法,传统的克隆手册必然会过时,已建立的方法也会被淘汰,这都是《分子克隆实验指南》一书全新版本问世的主要推动力。(略….)。然而我们的两个指导原则是:第一,《分子克隆实验指南》是“以核酸为中心”的实验室手册,因而总体上我们没有选取非直接涉及 DNA或 RNA的实验方法。所以,尽管本书中有分析蛋白质之间相互作用的酵母双杂交实验操作的章节,但并不包括许多其他的不直接涉及核酸的蛋白质间相互作用研究方法。第二,本着 John Lockean“为尽可能多的人们做多的善事”的思想,我们尝试囊括尽可能多的广泛用于分子和细胞实验室的以核酸为基础的方法。对我们而言,较为困难的任务是决定哪些材料应该被删除,而这个任务在与冷泉港实验室出版社协商之后难度大大降低,他们同意把较陈旧的方法放在冷泉港方案网站上。

推荐理由:之前笔者在做湿实验的时候,发现其实很多人只是照着试剂盒的说明指导进行操作,并不熟悉每一个步骤的含义。当然,在结果能够复现的时候,我们或许可以直接在引用中将试剂盒的CAS名加上就可以了。然后,许多具有前瞻性的实验常常不是那么容易成功了,其中会涉及到方方面面的改进与优化,而这需要的就是读者对于每一步骤的详细了解了。因此,本书就提供了一个系统性的实验指南,帮助用户了解实验步骤,其中的技术原理等。不过,相信做过实验的人都了解,那就是即学即用原则,许多实验可能我们整个研究生涯中都无需涉及,那么我们了解也是一种浪费时间,因而,笔者建立根据自己的实验进度进行了解,没必要大而全,要做到小而细,专精个别领域。

二 惯例小结

本次推荐的书籍,该怎么说呢,有用,但是又不那么有用。能够帮助做生信的小伙伴拓展自己的视野,但是能够在流程开发方面起到多大的作用,就很难说了。所以呢,各位读者按需了解,然后按需阅读,这可能才是这些书的正确打开方式吧。后面,也会不定期分析笔者阅读到有益的书籍,这个系列也会不定期更新,欢迎持续关注(也可后台推荐您喜欢的书,我会酌情考虑到添加到这个系列中)。

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另外,怎么说呢,投币也可,不强求,但奢求。


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