什么是液体活检？

顾名思义，就是用你的体液来检测你患病与否。科学地讲，它是一种利用高通量测序技术、过滤、捕获或富集等方法来检测体液中小 DNA 碎片、肿瘤细胞、外泌体等的新技术。

那液体活检凭什么火了？

如果，你是一名肿瘤科大夫，想知道病人可以使用哪种靶向药；如果，你的病人的活检组织，肿瘤成分太少，不足以用于病情判断；又如果，想隔一个月对病人是否发生耐药突变、是否发生复发转移进行监测；这么多如果，促成了液体活检的火火火火火火

既然这么火，还都会用到高通量测序技术，

那除了临床直接应用，这个测序数据可以用来做生信吗？

必须可以呀

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MUST

有公共数据就可以进行数据挖掘和生信分析，目前处在风口浪尖的液体活检中的生物标志物主要有循环肿瘤 DNA （Circulating tumor DNA, ctDNA）、循环肿瘤细胞（Circulating tumor cell, CTC）、外泌体（Exosome），这些可都能拿来做生信哟！

小云这次就分享一个利用循环肿瘤细胞CTC相关甲基化基因构建预后模型的思路，还是常规分析手段，文章的创新点主要在CTC相关甲基化基因的鉴定和模型构建，也就是说“换个癌种，拿到CTC相关甲基化基因，就能复现这个10分+的纯生信思路”，带感不带感？

小云公众号持续为大家带来最新生信思路，需要复现或定制分析思路的朋友欢迎call小云，风里雨里小云公众号等你！

l 题目：循环肿瘤细胞的 DNA 甲基化相关分类器的开发和验证以预测预后并提供肺腺癌的治疗策略

l 杂志：International journal of biological sciences

l 影响因子：IF=10.75

l 发表时间：2022年8月

研究背景

影响肺腺癌（LUAD）预后的一个重要因素是肿瘤转移。研究表明，循环肿瘤细胞 (CTC) 中的异常 DNA 甲基化与肿瘤转移有关。肿瘤抑制基因（SOX17、CST6 和 BRMS1）的 DNA 高甲基化是乳腺癌患者 CTC 的一个特征，CTC 改变 DNA 甲基化以促进转移播种。基于在 DNA 甲基化中起重要作用的 CTC 相关基因，作者希望建立一个风险模型来预测预后并为 LUAD 提供治疗策略。

数据来源

研究流程及主要结果

将GEO数据集中CTC和原发肿瘤样本之间的差异表达基因和TCGA中获得的转移相关DEG取交集获得候选 DEG，检查候选 DEG表达和甲基化水平之间的相关性筛选得到差异甲基化驱动基因（DMG）。对 36 个甲基化驱动的 DMG 进行单变量 Cox 回归分析和多变量回归分析建立风险预后模型并进行生存分析和预测性能评估。基于风险模型进行功能富集和免疫浸润分析，基因组变异分析，药敏性分析和免疫治疗反应预测。

文章小结

这篇文章的精华和最关键的创新点在于A部分“鉴定甲基化驱动的 DEG以及风险预后模型构建”，模型构建后的各种生存、免疫、突变等分析都属于常规操作，所以只要换个癌种，找到某肿瘤的CTC差异基因就可以构建模型复现思路了。10分+的纯生信呀，并且与临床关系相当密切，液体活检的生信分析还比较少，发文空间巨大，妥妥的高性价比之选！

小云有话说

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