1939-1945 第一座奖杯

1939 年，佛罗伦萨在鲁道夫-索契克（Rudolf Soutchek）的带领下重返意甲联赛，实力大增的他们以 5-0 和 4-1 的比分分别击败 AC 米兰和拉齐奥，闯入意大利杯半决赛。在半决赛中，马里奥-塞洛利亚（Mario Celoria）的两粒进球和朱塞佩-巴尔迪尼（Giuseppe Baldini）的第三粒进球帮助佛罗伦萨战胜了尤文图斯，与热那亚（当时被法西斯强制改名为了热那亚1893足球俱乐部，Genova 1893 Circolo del Calcio）会师决赛。1940 年 6 月 16 日，在佛罗伦萨的乔瓦尼-贝尔塔球场，塞洛里亚在第 26 分钟的进球打破了僵局，路易吉-格里范蒂（Luigi Griffanti）在比赛还剩不到 10 分钟时挡住了贾科莫-内里（Giacomo Neri）的射门，将比分保持在 1 比 0。从那个下午开始，佛罗伦永远铭记这个胜利的时刻。

决赛阵容如下：格里范蒂；达科斯塔，皮卡尔迪；埃莱纳，比戈诺，波吉；门蒂，莫塞利，塞洛利亚-巴尔迪尼，塔利亚萨基（Griffanti; Da Costa, Piccardi; Ellena, Bigogno, Poggi; Menti, Morselli, Celoria Baldini, Tagliasacchi）。

佛罗伦萨队由佛罗伦萨人、前紫百合球员朱塞佩-加卢齐（Giuseppe Galluzzi）训练，球队是热那亚红蓝军团之外唯一一支采用WM体系的意大利球队，这种来自英格兰的阵容正在改变足球。

1940 年 6 月 10 日，意大利参战。与此同时，佛罗伦萨在罗密欧-门蒂（Romeo Menti）的带领下，在朱塞佩-盖格勒（Giuseppe Geigerle）和费鲁西奥-瓦尔卡雷吉（Ferruccio Valcareggi）的支持下，在联赛中悄然前进。门蒂和瓦尔卡雷吉的黄金搭档共打入约 25 个进球，并在主教练朱塞佩-加卢齐（Giuseppe Galluzzi）的带领下将佛罗伦萨带到了第三名的位置，在意甲联赛和意大利杯对阵尤文图斯的三场比赛中打入 13 个进球，创造了记录。

接下来的一个赛季，门蒂离开佛罗伦萨转投都灵，紫百合以令人失望的第六名收场。与此同时，战争也带走了一些球员。以下球员在第二次世界大战中丧生：阿曼多-弗里戈（Armando Frigo，1943 年中弹）、布鲁诺-内里（Bruno Neri，1944 年阵亡）、维托里奥-斯塔乔内（Vittorio Staccione，1945 年死于毛特豪森集中营，译者注：有五位中国同胞也在这个集中营去世）。

那是佛罗伦萨暂停活动的戏剧性时期。当时，佛罗伦萨的秘书兼总监奥塔维奥-巴卡尼（Ottavio Baccani）将自己的家变成了佛罗伦萨的总部。1943/44赛季，由于交通不便，而球场又被盟军占用，佛罗伦萨被迫进行非正式友谊赛，其中包括一场与盟军代表队的比赛。后来，已经更名为Comunale的球场被军队占领，佛罗伦萨队不得不自行安排训练和活动。

自1944年9月（佛罗伦萨于1944年8月11日获得解放）起成立了与市政府达成一致的重组中心，从而保证了俱乐部组织的连续性。佛罗伦萨重新组建，成为佛罗伦萨足球协会，许多人加入其中，并选举阿里戈-帕加内利（Arrigo Paganelli）为主席。许多球员立即重返赛场，穿上了紫色球衣。其中包括在个人品格面前球技都显得黯然失色的费鲁基欧-瓦尔卡雷吉（Ferruccio Valcareggi）、“来自Campo di  Marte街区的男孩”卡利诺-皮卡尔迪（Carlino Piccardi），以及在经历了辉煌的职业生涯后，作为佛罗伦萨总监回归的埃吉斯托-潘多尔菲尼（Egisto Pandolfini）。

当时佛罗伦萨体育重组地方委员会（the Local Commission for the Reorganisation of Sport in Florence）在阿里戈-帕加内利的主持下，发起了地区混合锦标赛，也称为战时托斯卡纳锦标赛。比赛于 1945 年 4 月开始，佛罗伦萨队在 7 月的决赛中击败了职业利沃诺队（Pro Livorno）夺冠。